Saudeleurdynastin regerade från 500-talet fram till 1500-talet och var den första strukturerade statsbildningen på ön.

Nan Madol påbörjades kring 800-talet men beboddes möjligen redan 200 f.Kr. Storhetstiden inföll först senare och de megalitiska byggena tillkom troligen först kring 1200-talet.

Saudemwohi, den siste kungen i Saudeleurdynastin, tros ha dödats kring 1520 av Isokelekel från Kosrae som då grundade den efterföljande Nanmwarki-dynastin. Efter Isokelekels död kring 1600 splittrades Pohnpei i fem riken och Nan Madol tappade snabbt i betydelse.

När Nan Madol återupptäcktes i början på 1900-talet återstod endast ruiner. 1910 utforskades området av tyske etnologen Paul Hambruch och även amerikanska vetenskapsmän genomförde undersökningar på 1980-talet.

1985 utnämndes staden till historiskt område.