Initiativet till nybyggnationen av klosterkyrkan går tillbaka på 1700-talet, då den gamla klosterkyrkan, vars äldsta delar härrörde från 800-talet, var fallfärdig. Mellan 1755 och 1757 uppförde Peter Thumb långhuset och rotundan efter Gabriel Losers och Johann Caspar Bagnatos ritningar. De gamla byggnaderna började rivas den 2 maj 1755; grundstenen för nybygget lades den 29 augusti 1756 av abbot Coelestin Gugger von Staudach på en redan delvis förfärdigad byggnadsstomme.

Det in- och utvändiga dekorationsarbetet utfördes av Johann Christian Wentzinger för 52 000 gulden, varav det mesta arbetet inte utfördes av honom personligen, utan han bara projekterade, planerade och skissade. På sommaren 1760 var arbetet med skeppet i stort sett avslutat och den 15 november 1760 ägde invigningen rum.

Först 1760 fattades beslut om nybyggnationen av kyrkans kor. Innan dess användes det gamla gotiska koret som nödkor. Byggledningen övergick därför från Peter Thumb till Johann Beer. Ytterligare sidobyggnader och tornen liksom inredningsarbeten utfördes under följande år. Tornen var den sista del av byggnaden att färdigställas (vilket skedde 1766), invändigt utfördes mindre arbeten ända fram till 1772.

Den djärva kupolkonstruktionen i långhuset var byggnadstekniskt illa utförd, vilket gjorde en renovering nödvändig redan 1773. Statikproblem avhjälptes med tillbyggda stödkonstruktioner.

Efter att Sankt Gallens kloster upplösts 1805 företogs mindre förändringar i kyrkorummet. Abbotsstolen flyttades något och högaltaret fick funktionen av församlingsaltare. Byggnadsskador gjorde ytterligare renoveringsarbeten nödvändiga, varför Antonio Moretto fick utföra flera nya takmålningar fram till 1824. Ytterligare omfattande renoveringar genomfördes 1841 till 1845 (östra fasaden), 1866/1867 (omfattande interiörrenovering) och 1928 till 1938 (omfattande renovering utvändigt). Den senaste omfattande renoveringen företogs från 2000 till 2003.

Sedan 1824 är klosterkyrkan domkyrka i biskopsdömet Sankt Gallen.