Initiativ till planen att instifta Nouabalé-Ndoki nationalpark togs 1991 av Wildlife Conservation Society (WCS) och Kongos regering med stöd från USAID som ett transnationellt samarbetsprojekt. Detta omfattade även ett arbete med att interagera med lokala, regionala och nationella myndigheter. Nationalparken instiftades i september 1993 med en area om 3921,69 km² i den nordöstra regionen Sangha och den nordvästra regionen Likouala i Kongo.[1] 1999 gick timmerföretaget CIB (Congolaise Industrielle du Bois) och lokalbefolkningen ihop för att skapa en entitet som skulle minimera negativa påverkan av avverkning på nationalparken. 2001 utvidgades området med delar av en intilliggande avverkningskoncession, Gualougotriangeln. Ett tyskt skogsavverkningsföretag övergav sina rättigheter över Gualougotriangeln under dess hyrestid för att den skulle kunna bli en del av nationalparken och beslutade även att förbjuda jakt i området. Medan avverkning har skett (speciellt av två arter av afrikansk mahogny för högkvalitetstimmer) i många skogsregioner i norra Kongo, har nationalparken varit helt fri från detta. Detta har hjälpt till att bevara och utöka djurpopulationen och förbättra de naturliga habitaten i skogen.[1][2][3][4][5]