Levuka grundades runt 1820 av europeiska bosättare och handelsmän, och var fijiöarnas första moderna stad. Den kom att bli en viktig hamn och handelsplats. Maristpräster, ledda av fader Breheret, etablerade en mission i Levuka 1858. 1870 hade orten en befolkning på över 800. När Fiji blev en stat 1871 kröntes hövdingen Seru Epenisa Cakobau till kung i Levuka. Efter att Fiji överlämnats tillStorbritannien 1874 var Levuka huvudstad fram till 1877, då administrationen flyttades till Suva, även om flytten inte gjordes officiell förrän 1882. Flytten baserades på åsikten att de 600 meter höga klipporna runt Levuka skulle förhindra stadens framtida utbyggnad.

Levuka är känd för att ha varit ursprungsstaden för flera institutioner i Fiji. Bland annat etablerades Fijis första bank, postkontor, skola, sjukhus, stadshus och kommunala regering i Levuka. Fijis första nyhetstidning, Fiji Times, grundades i Levuka 1869. Ett hotell i staden är Oceaniens äldsta - Royal Hotel, som fortfarande finns kvar. Historiker har inte lyckats bestämma dess exakta ålder, men det går åtminstone tillbaka till 1860-talet. Levuka var också den första platsen i Fiji att elektrifieras. Detta skedde 1927, tre dagar innan huvudstaden Suva elektrifierades.

Det svensk-norska konsulatet på Fiji-öarna (konsul George Smith) var beläget i Levuka 1892-1901.