Slottets historia sträcker sig tillbaka till cirka 870 då högplatån befästes av furst Bořivoj I, och han lät bygga en kyrka, Vår Frus kyrka, inne på området. I början av 900-talet uppfördes ytterligare två kyrkor, Sankt Georg och Sankt Vitus. Vid Georgskyrkan kom det första tjeckiska klostret att ligga. På 1100-talet byggdes ett slott i romansk stil, som blev väsentligt ombyggd till gotisk stil på 1300-talet av kejsar Karl IV. Han förstärkte också befästningsanläggningarna och lät ersätta Vituskyrkan med den gotiska katedralen Vituskatedralen, som färdigställdes först nästan sex århundraden senare.

Under husitkrigen var slottet obebott. År 1485 begynte kung Vladislav II att återuppbygga och restaurera slottet. Då byggdes också en gedigen festsal som fortfarande finns kvar och i dag kallas Vladislavsalen. Vidare uppfördes flera försvarstorn på nordsidan av fästningsanläggningarna. Slottet raserades delvis av en stor brand 1541, och ersattes under habsburgarnas styre av renässansbyggnader. Ferdinand I byggde ett sommarpalats till sin drottning Anna, kallat Belvedere, norr om slottet, och en stor trädgårdsanläggning i anknytning till detta. Rudolf II hade slottet som sitt huvudresidens. Han lät bygga till en nordflygel med bland annat Spanska salen för sin konstsamling.

År 1618 kastade rasande tjeckiska, protestantiska adelsmän ut de katolska ståthållarna samt deras sekreterare genom ett fönster på slottet (andra defenestrationen i Prag), en begivenhet som inledde det böhmiska upproret, som blev upptakten till trettioåriga kriget. Under det blev slottet ödelagt och plundrat vid flera tillfällen. Bland annat blev stora delar av Rudolf II:s konstsamling beslagtagna av den svenska hären och skickade till Stockholm 1648.[1] Den sista större nybyggnationen skedde under drottning Maria Teresia i slutet av 1700-talet.

År 1918 blev slottet säte för Tjeckoslovakiens president Tomáš Garrigue Masaryk, och slottet och trädgårdsanläggningarna restaurerades under ledning av den slovenske arkitekten Jože Plečnik. Under ockupationstiden efter 1938 var slottet residens för den nazityske ställföreträdande riksprotektorn Reinhard Heydrich. Efter befrielsen från den tyska ockupationen inrymdes regeringskansliet i slottet. Efter sammetsrevolutionen 1989–1990 blev Pragborgen åter säte för en demokratiskt vald president, Václav Havel.