Malindi-moskén är en moské i Stone Town, Zanzibar, Tanzania, belägen nära hamnen. Den härstammar från 1830-talet men var möjligen byggd på platsen för en äldre moské som kan ha daterats tillbaka till 1600-talet eller tidigare. Vissa reseguider hävdar att de har sitt ursprung på 1400-talet.

Den nuvarande moskén byggdes 1834-1835/1250 AH av Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby från Benadirkusten i Somalia. Han var en rik köpman i Zanzibar under 1820-talet till 1840-talet. Byggnaden förstorades två gånger 1841 och 1890.

Den har några ovanliga arkitektoniska egenskaper, inklusive en konformad minaret (en av bara tre minareter av denna form i Östafrika) och en fyrkantig plattform.