Området där Kootenay nationalpark ligger innehåller många arkeologiskt intressanta platser och kan ha varit bebott av människor i omkring 10 000 år eller mer. Fynd tyder på att området länge har varit en del av en öst-västlig handelsrutt för ursprungsbefolkningen i området och Ktunaxa, tillhörande Kanadas First Nations, korsade regelbundet passen i området för att jaga bisonoxar på slätterna. De varma källorna i området var en orsak till att människor uppehöll sig här och även de så kallade Paint Pots, små vattenansamlingar omkring vilka omgivningen fått en orangerödaktig färg på grund av det höga innehållet av mineraler, var respekterade som heliga platser av ursprungsbefolkningen.

De första européer som besökte området var säkerligen så kallade fångstmän eller pälsjägare och pälshandlare. De första dokumenterade besöken är från år 1841, då Sir George Simpson, guvernör för Hudson Bay-kompaniet, gjorde ett hastigt besök i området. Efter honom kom James Sinclair, en ryktbar pälshandlare och upptäckare anställd av samma bolag. 1858 ledde geologen James Hector en expedition genom områdets norra delar. Under tidigt 1900-tal började lokala affärsmän engagera sig för att få den statliga regeringen att bygga en väg mellan städerna Windermere och Banff. I uppgörelsen kring vägen ingick en viss omfördelning av mark, vilken senare avsattes till Kootenay nationalpark.