Staden grundades 1032 av tanguter och var befäst med en stadsmur. Den intogs 200 år senare av Djingis Khan 1226. Under Kublai Khans tid utvidgades staden. Mongolerna och Khara-Khoto besegrades i sin tur av Mingdynastins armé. Denna händelse finns beskriven i Mingdynastins annaler: "I det femte året av Hungu (1372) nådde general Feng Sheng och hans armé Edzina. Stadens försvarare Buyan'temur kapitulerade, och kinesiska trupper nådde bergen i Bojiashan. Härskaren över Yuan, Gyardzhipan', flydde. Hans minister... och 27 andra tillfångatogs, tillsammans med tio tusen eller fler hästar och boskap."[1] Efter nederlaget, och som en följd av vattenbrist[2], övergavs staden efter detta och lämnades i ruiner. Dess otillgängliga läge bevarade den under lång tid från plundrare.

De flesta av de målningar som hittats vid utgrävningar är från 1000-talet till 1200-talet medan majoriteten av porslinsfragmenten med dekorativt koboltglas är från 1300-talet. Ingen målning är av ett senare datum än 1378–1387, ingen kinesisk text är senare än 1371 och ingen Tanguttext är senare än 1212. Så de arkeologiska fynden ger stöd till Mingdynastins annaler och allt tyder på att stadens liv upphörde någon gång runt 1380.[3]