Citadellet byggdes under Tamasp I regeringstid (1524-1576) under Safavidiska dynastins era (1502–1736), och senare ombyggt av Karim Khan Zand (regent 1750-1779). Agha Mohamd Khan Qajar (1742–1797) valde Teheran som sin huvudstad. Citadellet blev därefter Qajardynastins område (1794–1925). Golestanpalatset och dess gård blev det kungliga residenset. Palatset fick sitt nuvarande utseende 1865 av Haji Abol-hasan Mimar Navai.

Under Pahlavieran (1925–1979) användes Golestanpalatset för formella kungliga mottagningar och Pahlavidynastin byggde sitt eget palats i Niavaran. De viktigaste ceremonierna som hölls i palatset under Pahlavidynastins era var Reza Khans kröning i Takht-e Marmar och Mohammad Reza Pahlavis kröning i Museisalen.

Mellan 1925 och 1945 förstördes en stor del av byggnaderna på order av Reza Shah som ansåg att det flera hundra år gamla Qajarpalatset skulle vara ett hinder för den moderna stadens utbredning. De gamla byggnaderna ersattes med kommersiella byggnader i 1950- och 1960-talsstil.