V marcu 1890 je prihodnji car Nikolaj II., v času svojega postanka v Vladivostoku, po obisku na Japonskem ob koncu svoje poti okoli sveta, osebno odprl gradnjo odseka Transsibirske železnice na Daljnem vzhodu. Nikolaj II. je v svojem dnevniku zapisal o svojem pričakovanju udobnega potovanja po neokrnjeni divjini Sibirije. Carjev vlak je bila zgrajena v Sankt Peterburgu, in je služil kot carjeva glavna mobilna pisarna in prostor za njegovo osebje na potovanju čez Rusijo.

Glavna smer Transsibiske železnice se začne v Moskvi na postaji Yaroslavsky Vokzal, teče skozi Yaroslavl, Čeljabinsk, Omsk, Novosibirsk, Irkutsk, Ulan-Ude, Čita in Habarovsk do Vladivostoka prek južne Sibirije. Zgrajena je bila med letoma 1891-1916 pod nadzorom ruskih vladnih ministrov, ki jih je osebno imenoval car Aleksander III. in njegov sin Nikolaj II. Dodatna Kitajska vzhodna železnica je bila zgrajena kot rusko-kitajski del Transsibirske železnice, ki je povezovala Rusijo in Kitajsko in zagotavljala krajšo pot do Vladivostoka. Upravljala jo je rusko osebje in administracija s sedežem v Harbinu.

Transsibirska železnica je povezava glavne čezcelinske ruske linije s stotinami velikih in malih mest v evropskem in azijskem delu Rusije. Na 9259 km zajema rekordnih sedem časovnih pasov in ob osmih dneh trajajočem potovanju, je tretja najdaljša enovita storitev na svetu, za progo Moskva-Pjongjang 10.267 kilometrov[1] in Kijev-Vladivostok 11.085 kilometrov,[2] ki sledita tudi transsibirski na veliko njenih odsekih.

Druga glavna smer je Transmandžurska železnica, ki sovpada s Transsibirsko na vzhodu od Čite, preko Tarskaja, vzhodno od Karymskoye v Čita Oblasti, okoli 1.000 km vzhodno od Bajkalskega jezera. Od Tarskaja gre Transmandžurska proti jugovzhodu, preko Harbina in Mudanjianga v Kitajski Severovzhodni provinci (od koder teče povezava s Pekingom), kjer se stika z glavno smerjo v Ussurijsk severno od Vladivostoka. To je najkrajša in najstarejša železniška proga do Vladivostoka. Nekateri vlaki se razdelijo v Shenyangu, Kitajska, kjer del nadaljuje v Pjongjang v Severni Koreji.

Tretja glavna smer je Transmongolska železnica, ki se od transsibirske odcepi v Ulan-Ude na vzhodni obali Bajkalskega jezera. Od Ulan-Ude gre proti jugu do Ulan-Batorja in nadaljuje svojo pot proti jugovzhodu do Pekinga.

Leta 1991 je bila četrta proga, ki še naprej teče proti severu dokončno zaključena, po več kot petih desetletjih dela. Znana kot železniška proga Bajkal-Amur (BAM), se je ta nedavna pridobitev oddaljila od Transsibirske linije pri Tajšetu za več sto kilometrov zahodno od Bajkalskega jezera in mimo jezera na njegovem najsevernejšem delu. Prečka reko Amur pri Komsomolsk-na-Amure (severno od Habarovska) in doseže Tatarsko morsko ožino Japonskega morja pri kraju Sovjetskaja Gavan.

13. oktobra 2011 je vlak iz Kazana peljal svojo otvoritveno vožnjo v Rajin v Severni Koreji.[3]

V rusko-japonski vojni (1904-5), je Transsibirska železnica obravnavana kot eden od razlogov, da je Rusija izgubila vojno. Proga je bila enotirna in kot taka omogočala potovanje z vlakom samo v eno smer. To je Rusom povzročilo velike strateške in dobavne težave, ker niso mogli premikati virov tako hitro, kot bi bilo potrebno, saj je moral vlak za prevoz blaga, vojakov in streliva, ki je prihajal iz zahoda proti vzhodu čakati na srečanje z vlakom, ki je vozil čete in ranjence od vzhoda proti zahodu. Medtem so Japonci lahko hitro napredovali. Po ruski revoluciji leta 1917, je železnica služila kot ključna komunikacijska linija za češkoslovaške legije in zavezniško vojsko, ki je pri sibirski intervenciji v ruski državljanski vojni, vozila vojake v Vladivostok. Te sile so podprle belorusko vlado admirala Aleksandra Kolčaka, s sedežem v Omsku in vojake, ki so se borili z boljševiki na Uralu. Intervencija je bila oslabljena in na koncu poražena s strani borcev, ki so razstrelili mostove in dele proge, zlasti v območju med Krasnojarskim in Čito.[4][5][6]

Transsibirska železnica je med rusko državljansko vojno igrala tudi zelo neposredno vlogo v zgodovini Rusije, ki je s Češkoslovaškimi legijami močno oboroženimi in v oklepnih vlakih obvladovala velik del železnice (in Rusijo samo) v času Ruske državljanske vojne in ob koncu1. svetovne vojne.[7]

Med drugo svetovno vojno je Transsibirska železnica igrala pomembno vlogo pri oskrbi sil, ki so se borile v Evropi.

V prvih dveh letih vojne, ko je bila Sovjetska zveza nevtralna in ker so nemški ladijski prevoz onemogočali zahodni zavezniki, je Transsibirska železnica služila kot nujna povezava med Nemčijo in Japonsko. Ena od primarnih surovin še posebej pomembna za nemško vojno je bil naravni kavčuk, ki je bil na Japonskem lahko dosegljiv iz jugovzhodne Azije (zlasti Francoske Indokine). Od marca 1941 je 300 ton naravnega kavčuka na dan v povprečju prečkalo transsibirsko železnico na poti v Nemčijo. Po eni od raziskav dobavne verige naravnega kavčuka, je od 22 marca 1941, 5800 ton tega pomembnega materiala potovalo v tranzitu med Sovjetskim železniškim omrežjem med Manchukuo in Tretjm rajhom, 2000 ton so bilo v tranzitu do Manchukuo, 4000 ton je čakalo v Dairen, 3800 ton na Japonskem in 5700 ton na poti iz jugovzhodne Azije do Japonske.[8]

V tem času je manjše število nemških Judov in anti-nacistov uporabljalo transsibirsko železnico za pobeg iz Evrope, med njimi matematik Kurt Gödel in mati igralca Heinza Bernarda.[9] Več tisoč judovskih beguncev je odšlo na potovanje po zaslugi japonskih vizumov, ki jih je izdal japonski konzul v Kaunasu, Chiune Sugihara.

Situacija se je obrnjena po 22 juniju 1941. Po napadu na Sovjetsko zvezo, je bila Nemčija odrezana od svoje edine zanesljive trgovske poti na Japonsko. Po drugi strani pa je Sovjetska zveza postala prejemnik posojila po Zakonu o posojilu in najemu iz ZDA. Čeprav je šla Japonska v vojno z ZDA, si je prizadevala, da ohrani dobre odnose z ZSSR in so kljub nemškim pritožbam, dovolile sovjetskim ladjam pluti med ZDA in pacifiškimi pristanišči Rusije. Tako je Pacific Route - prečkanje severnega Tihega oceana in Transsbirske železnice - postala najbolj varna povezava med ZDA in ZSSR. Tovor je znašal toliko kot po drugih dveh poteh (severni Atlantik-arktično morje in iranska) skupaj.

Železnica igrala pomembno vlogo tudi pri evakuaciji sovjetske industrije iz evropske Rusije v Sibirijo v letih 1941-1942 in v repozicioniranje sovjetskih vojakov iz Nemčije proti Japoncem, v pripravah na sovjetsko-japonsko vojno avgusta 1945.