Most čez reko Neretvo je stal že dolgo pred Starim mostom. Prvič je omenjen v pismu, ki ga je neki Dubrovčan pisal mestnemu svetu Dubrovnika. V njem piše, da se je Vladislav Hercegović odcepil od svojega očeta Hercega Stjepana in zasedel Blagaj (naselje južno od Mostarja) ter dve utrdbi ob mostu čez Neretvo (et do castelli al ponte Neretua). Kdaj natančno je bil most zgrajen, ni znano, vsekakor pa je služil vse do leta 1466, ko so Mostar in okolico zasedli Turki in zgradili novega.

Novozgrajeni most je bil slabe kakovosti. Ćatib Čelebi, potopisec iz 17. stoletja je zapisal, da je most lesen, zelo dotrajan, da visi na verigah in se med hojo tako trese, da vzbuja strah pri vseh, ki gredo čezenj. Prebivalci Mostarja so zato prosili sultana Sulejmana Veličastnega, naj zgradi nov kamnit most.

Načrte za most je naredil istanbulski arhitekt Mimar Hajrudin, učenec Sulejmanovega dvornega arhitekta Mimarja Sinana. Izročilo pravi, da je Hajrudin dan preden so začeli odstranjevati opaže izpod novega mostu, pobegnil iz Mostarja in si celo pripravil lasten pogreb, ker še sam ni verjel, da bo vitka konstrukcija mostu vzdržala. V resnici ni nobenega zanesljivega podatka, da je Hajrudin svoj most sploh kdaj videl. Gradnjo mostu so zaupali izkušenemu lokalnemu graditelju Mehmedu Karađozu. Gradbena dela so se začela 24. oktobra 1557. Delavci so bili v glavnem iz okolice Dubrovnika in kadiluka Popovo v jugovzhodni Hercegovini, ki so bili izkušeni tesariji in kamnoseki. Most je bil zgrajen leta 1566 in je stal 300.000 srebrnikov (akč).

Ko je bil most zgrajen, je imel največji lok na svetu. Dobil je ime Novi most, kasneje pa so ga imenovali tudi Most Sulejmana Veličastnega, Veliki most in nazadnje Stari most.

 

Mostarski most med obnovo leta 2003

Med vojno v Bosni in Hercegovini (1992-1995) je bil most pogost cilj topništva hrvaške vojske (HVO), ki ga je hotela izbrisati kot simbol osmanske arhitekture. Leta 1992 so topovske granate najprej prebile del ograje tik ob desnem bregu Neretve, 9. novembra 1993 pa se je most med sistematičnim topovskim obstreljevanjem iz Čekrka in okoliških hribov porušil in padel v reko.

Po vojni so začeli načrtovati obnovo mostu, ki bi postal simbol miru in sprave med sprtimi narodi. V obnovljeni most so nameravali vgraditi čim več prvotnega gradiva, zato so najprej dvignili kamnite bloke in druge ostanke z rečnega dna. Manjkajoče bloke in elemente, ki niso bili uporabni, so izklesali znova po tradicionalem postopku v istem kamnolomu, v katerem so bili izklesani originali. Most je bil svečano odprt 23. julija 2004. Obnova, ki je potekala pod pokroviteljstvom UNESCA, je stala 12 milijonov evrov.

Leta 2005 je bil most vpisan na seznam Unescove svetovne kulturne dediščine.