Colmar je bil ustanovljen v 9. stoletju in se v besedilih meniha Notkerja Balbulusa iz leta 823 omenja kot Columbarium Fiscum. V njem je leta 884 karolinški cesar Karel III. Debeli vodil skupščino. Colmarju je cesar Friderik II. leta 1226 dodelil status svobodnega cesarskega mesta. Leta 1354 se je mesto pridružilo zvezi Décapole. Leta 1575 je sprejelo protestantsko reformacijo, precej za severnima sosedoma Strasbourgom in Sélestatom. Med tridesetletno vojno ga je leta 1632 zasedla švedska vojska, ki je tu ostala dve leti. Leta 1548 je Josel Rosheimski pozval cesarsko sodišče (Reichskammergericht), naj razveljavi prepoved trgovanja judovskim trgovcem.

Mesto so leta 1673 zasedli Francozi pod kraljem Ludvikom XIV. in so se uradno umaknili leta 1679 s pogodbo iz Nijmegna. Leta 1871 je bil Colmar s preostalo Alzacijo priključen novonastalemu nemškemu cesarstvu kot posledica francosko-pruske vojne in vključen v provinco Alzacija - Lorena. Po prvi svetovni vojni je v skladu z versajsko mirovno pogodbo po letu 1919 pripadel Franciji. Leta 1940 je bil vključen v nacistično Nemčijo, nato pa leta 1945 po bitki, imenovani Colmarski žep (francosko poche de Colmar), vrnjen Franciji. Colmar so od leta 1947 upravljale konservativne stranke, Republikansko gibanje (Mouvement Républicain Populaire, MRP) (1947–1977), Zveza za francosko demokracijo (Union pour la Démocratie Française, UDF) (1977–1995) in Zveza za ljudsko gibanje (Union pour un mouvement populaire) od leta 1995. V tem času je imel tri župane.

Colmarjev zaklad, najdba dragocenih predmetov, ki so jih Judje skrili, ko je razsajala črna smrt, je bil odkrit leta 1863. Med njimi je eden redkih ohranjenih judovskih poročnih prstanov s ploščo v obliki majhne stavbe namesto dragocenega kamna v skladu z zahtevo judovskega prava, da so poročni prstani v enem kosu. Poleg tega so med njimi srebrni kovanci, srebrn namizni pribor ter zlat in srebrn nakit, zaponke in 15 srebrnih prstanov. [1]