Mesto je prvič omenjeno v listini iz leta 1156 kot Terra banensium. Leta 1217 je dobilo mestne pravice. Vanj so se priseljevali rudarji iz Češke in Saške, ki so sprva kopali rudo v dnevnih kopih. V 16. stoletju je izkop v rudnikih okoli mesta prehitel češko Kutno Horo in pravico do izkoriščanja rudnikov srebra si je pridobila znana augsburška bankirska družina Fugger. Leta 1627 je bilo tu prvič v zgodovini rudarstva izvedeno miniranje: sode smodnika so namestili v jamah in jih razstrelili. Ker so na tak način hitro izčrpali lahko dostopne žile, so bili prisiljeni kopati vedno globlje in temu primerno razvijati nove tehnike in stroje. Leta 1735 je bila ustanovljena rudarska šola, ki jo je Marija Terezija leta 1762 povzdignila v prvo rudarsko akademijo na svetu. Na njej so se šolali številni rudarski inženirji Habsburške monarhije in srednje Evrope, tudi mnogi idrijski. Še leta 1782 je Banská Štiavnica skupaj z okoliškimi naselji štela okoli 40.000 prebivalcev ter tako bila za Bratislavo in Debrecenom tretje največje mesto takratne Kraljevine Ogrske. V drugi polovici 19. stoletja se je zaradi izčrpanosti rudnikov pričel zaton mesta, ki je dokončno napočil po razpadu Avstro-Ogrske, ko so rudarsko akademijo preselili v madžarski Sopron. Številne zgradbe in tehnični spomeniki so propadali vse do 70. let 20. stoletja, ko je slovaška vlada pričela z načrtno obnovo.