Prvá zmienka o existencii osídlenia pochádza z roku 859, keď Novgorodčania uznávali iba škandinávske knieža Rurika. Mesto samé vzniklo až v ďalšom storočí, archeologicky doložiteľné bolo osídlenie v polovici 10. storočia. V 10.-11. storočí to bolo jedno z centier Kyjevskej Rusi, neskôr stredisko samostatného kniežatstva. Po roku 1136 je moc kniežaťa obmedzená, dôležitú úlohu v riadení mesta nadobúda snem (veče) a starosta mesta (posadnik). Politické dejiny mesta v 12.-15. storočí sú plné rozporov medzi šľachtou (bojarmi) a kupeckou vrstvou. Novgorod je v období stredoveku jedným z najvýznamnejších obchodných centier Európy, udržiava úzke styky s mestami hanzy. Pozoruhodná je vzdelanostná úroveň obyvateľstva, medzi ktorým je bežná gramotnosť. Na písanie sa používa špecifický materiál – brezová kôra. V trinástom a štrnástom storočí odoláva tlaku západných susedov – Švédov, Rádu nemeckých rytierov, neskôr Litovského veľkokniežatstva. Dejiny Novgorodu ako centra nezávislého štátneho celku končia roku 1478, kedy bolo územie násilne pripojené k moskovskému kniežatstvu. Na príkaz cára Ivana III. sú vyvraždené stovky novgorodských bojarov a kupcov, mesto dovtedy známe ako „pán veľký Novgorod“ a brána do Európy, bolo podriadené Moskve. Ako provinčné sídlo potom od konca pätnásteho storočia zdieľalo dejiny Ruska.

Od roku 1727 bol centrom Novgorodskej gubernie. Počas občianskej vojny získali 14. novembra 1917 mesto komunisti. V medzivojnovom období sa mesto priemyselne rozvíjalo. Počas druhej svetovej vojny mesto 15. augusta 1941 obsadili nemecké vojská. Oslobodené bolo až 20. januára 1944. Počas bojov bolo mesto prakticky kompletne zničené.[1] Na povojnovej obnove mesta sa podieľal architekt A.I. Ščusev.

5. júla 1944 sa mesto stalo centrom Novgorodskej oblasti. 26. júla 1951 bola pri archeologickom výskume v meste nájdená brezová gramota. Pre svoj značný kultúrny význam bolo mesto v roku 1992 vyhlásené za pamiatku svetového kultúrneho dedičstva UNESCO. V decembri 1995 bola v meste prevádzkovaná trolejbusová doprava.

11. júna 1999 bolo mesto premenované na Velikij Novgorod. V roku 2008 získalo štatút mesto vojenskej slávy.