Karlskronu založil v roku 1679 kráľ Karol XI. ako námornú základňu. Hneď po roku získala status mesta. V roku 1790 veľká časť mesta vyhorela. Mesto pôvodne ležalo na viac než 30 ostrovoch a ostrovčekoch, čo má ešte dnes vplyv na jeho vzhľad.

Prístav so svojimi bývalými lodenicami a obrannými systémami a vybrané mestské budovy sú od roku 1998 súčasťou svetového dedičstva UNESCO. Dôvodom boli zachovalé pamiatky a ich doplnky, ktoré pripomínali námorné mesto naprojektované v 17. storočí.