Rád nemeckých rytierov začal stavať hrad asi v roku 1274, ako stredisko výbojov proti pohanským Prusom. V roku 1309 presídlil do Malborku veľmajster rádu nemeckých rytierov z Milána a odvtedy sa stal Malbork trvalým sídlom veľmajstrov Rádu nemeckých rytierov. Začalo sa s prestavbami a prístavbami pôvodného hradu, ktorý pomenovali horným hradom. Základom hradného komplexu sa stal tzv. prostredný hrad a okrem neho pribudlo aj rozsiahle predhradie. Najväčší rozsah dosiahol hradný komplex za čias veľmajstra Winricha z Kniprode (1351 - 1382).

Tvrdza veľmajstra nebola dobytá počas obliehania poľsko-litovskými vojskami pod vedením kráľa Vladislava II. Jagela po bitke pri Grünwalde v roku 1410. Počas trinásťročnej vojny v roku 1456 sa vzbúrili námezdní žoldnieri rytierskeho rádu, zmocnili sa hradu aj mesta a o rok ho predali. Hrad kúpil kráľ Kazimír IV. Jagelovský. Tento stav potvrdila aj toruňská mierová zmluva z roku 1466. V poľských rukách ostal Malbork až do delenia Poľska v roku 1772. V tom čase došlo k posilneniu poľského obyvateľstva v meste a začiatkom 18. storočia tu sídlil kratší čas aj poľský kráľ Stanislav I. Leszczyński.

Hrad bol poškodený počas vojen so Švédskom, delenia Poľska a Napoleonskych vojen, preto ho rekonštruovali od roku 1817. Od roku 1877 bol hrad znovu rekonštruovaný K. Steinbrechtom až do jeho smrti v roku 1923, práce pokračovali do roku 1945, kedy bol silno poškodený Červenou armádou počas bojov o mesto. Rekonštrukcia prebieha dodnes.