Füssen leží pri starej rímskej ceste Via Claudia Augusta z Talianska do hlavného mesta Raetie (Augusta Vindelicorum, dnešný Augsburg) a bol osídlený už v staroveku. Roku 748 tu založil mních a misionár sv. Magnus (St. Mang) pustovňu okolo ktorej potom vznikol benediktínsky kláštor. V 13. storočí bol už Füssen mestom, v roku 1295 sa spomínajú jeho mestské práva. Mesto potom pripadlo arcibiskupom augsburskými, ktorí tu v rokoch 1486 – 1505 dali vybudovať neskorogotický hrad. Už v 16. storočí tu kvitlo husliarstvo a 1562 vznikol vôbec prvý cech lutniarov. V rokoch 1696 – 1726 bol kláštor a kostol barokovo prestavaný a rozšírený.

V rámci sekularizácie v roku 1802 bol kláštor zrušený, 1805 pripadol Füssen Bavorsku a koncom 19. storočia dal v blízkosti mesta kráľ Ľudovít II. vystavať romantický zámok Neuschwanstein.

Füssen leží vysoko v podhorí Álp pri jazere Forggensee, priamo nad mestom sú vysoké vrchy a miesto je obľúbeným cieľom turistov.