Mesto založili Luzitáni a urobili ho svojim hlavným mestom. Rimania dobyli mesto v roku 57 pred Kr. a opevnili ho hradbami. V období invázie barbarov sa v roku 584 Évora dostala pod vládu vizigótskeho kráľa Leovigilda. V roku 715 mesto obsadili Mauri a vtedajší vládca Tarik ibn-Zijad ho nazval Jebora. Za maurskej vlády (715 – 1165) začalo mesto opäť prosperovať.

V septembri roku 1165 dobyl mesto Geraldo Sem Pavor (Gerald Smelý) a dostalo sa tak pod vládu portugalského kráľa Alfonza I. V tejto dobe sa rozvíjalo veľmi dynamicky. V prvej a druhej dynastii portugalských kráľov tu sídlil kráľovský dvor a bolo postavených mnoho palácov, pomníkov a kostolov. Sídlom arcibiskupstva sa Évora stala v roku 1540. V roku 1559 tu jezuiti založili univerzitu. V 18. storočí boli jezuiti z Portugalska vykázání a univerzita bola v roku 1759 uzatvorená. Obnovy sa dočkala až v roku 1973.

Všetky významné stavebné slohy a umelecké smery (románsky sloh, gotika, manuelský sloh, renesancia a barok) zanechali v Évore stopu. Dodnes sa na ploche 1 km² historického centra nachádza okolo 4 000 budov.