Angkor Vat na kambodžskej vlajke

Výstavba chrámu sa začala v prvej polovici 12. storočia počas vlády kráľa Súrjavarmana II. (vládol od r. 1113 do cca 1150) ako hlavné mesto a kráľov chrám. Pôvodný názov chrámu je neznámy. V roku 1177 bol Angkór zničený Čampami, tradičnými nepriateľmi Khmérov. Po znovuobnovení ríše bolo hlavné mesto presunuté do Angkór Thomu o niekoľko kilometrov na sever.

V 14. alebo 15. storočí sa chrám stal théravádskym (budhistickým), akým ostáva dodnes. Aj keď bol zanedbávaný v 16. storočí, nikdy nebol úplne opustený. V tom čase bol známy ako Preah Pisnulok. Od 16. storočia sa používa aj súčasný názov, Angkór Wat, čo znamená "Mestský chrám".

Jeden z prvých návštevníkov zo Západu bol portugalský mních Antonio da Magdalena v roku 1586, ale známym sa stal ná Západe až v polovici 19. storočia publikáciou francúzskeho výskumníka Henriho Mouhota, ktorý nesprávne datoval chrám do obdobia Rímskej ríše.

V 20. storočí chrám potreboval hlavne odstránenie vegetácie, ktorá sa začala rozširovať. Práce boli zastavené v 70. a 80. rokoch 20. storočia občianskou vojnou a vládou Červených Khmérov, ale chrám utrpel len minimálne škody. Od roku 1992 sa chrám postupne obnovuje.

Angkór Vat sa stal symbolom Kambodže, a zdrojom národnej hrdosti pre miestnych ľudí. Chrám je na každej vlajke Kambodže približne od roku 1863.