Первая церковь, посвящённая Святому Георгию (San Giorgio), была построена на острове около 790 года[1]. В 982 году дожем Трибуно Меммо остров был подарен монаху-бенедиктинцу блаженному Джованни Морозини, который основал монастырь и стал его первым аббатом. В 1223 году здания монастыря были разрушены землетрясением, но позднее восстановлены. В 1229 году здесь был похоронен дож Пьетро Дзиани, а в 1433 году монастырь принял Козимо де Медичи, Старшего, изгнанного из Флоренции, который основал здесь библиотеку.

В 1521 году было принято решение о строительстве нового храма. Падуанского архитектора Андреа Палладио пригласили сначала для строительства трапезной монастыря, а затем и для возведения новой церкви. В 1566 году был заложен первый камень, а к 1575 году возведены периметральные стены и барабан купола. Последний был завершён в 1576 году, а хор — в 1591 году. Фасад был построен между 1607 и 1610 годами Винченцо Скамоцци, через тридцать лет после смерти Палладио.

Кампанила (колокольня) высотой 63 м была спроектирована сомасским (мужской орден клириков по месту происхождения) архитектором Бенедетто Буратти и датируется 1791 годом (ранее существовавшая колокольня рухнула в 1774 году). Квадратная в плане кампанила построена из истрийского камня, имеет облицованный мрамором павильон, откуда открывается уникальная панорама на Венецианскую лагуну, и типично венецианский конический шатёр. Значение монастыря было таково, что во время оккупации Рима французской армией, в нём в 1799—1800 годах проходил конклав, на котором был избран папа Пий VII, там же прошла папская коронация. Кардиналы собирались в «Ночном хоре» (или «Зимнем хоре»), где до сих пор экспонируется картина Витторе Карпаччо «Святой Георгий, поражающий дракона» (1516).

В 1808 году расположенный на острове монастырь был закрыт Наполеоном Бонапартом. Здания были превращены в казармы и изменены до неузнаваемости. Военный гарнизон занимал монастырь даже при правительствах Австро-Венгерской империи и Королевства Италии. Позднее деятельность монастыря была восстановлена. Монахи-бенедиктинцы до настоящего времени служат в церкви. В марте 1900 года папа Лев XIII возвёл церковь Сан-Джорджо в ранг малой базилики[2].

В 1951 году монастырь был приобретён графом Витторио Чини (1885—1977) и к 1956 году отреставрирован вместе с окружающей территорией. Фонд имени Джорджо Чини с резиденцией на острове был создан графом в 1954 году в память о погибшем в 1949 году сыне. По завещанию графа Чини его фамильный дворец Палаццо Лоредан-Чини вместе с коллекциями произведений живописи и искусства перешёл в собственность Фонда. Благодаря Фонду на острове Сан-Джорджо-Маджоре работают музеи Фонда Чини, институты истории искусства, институт литературы, музыки и театра, а также учебные заведения — профессиональный Центр искусств и ремёсел, Мореходная школа. Кроме того, здесь проходят конференции и выставки классического и современного искусства[3].

Архитектор Луиджи Виетти, освоив дополнительную площадь, в 1954 году создал Зелёный амфитеатр под открытым небом, его архитектура напоминает и старинные театры, и зелень венецианских вилл[4].