Возведение монастыря началось в интернациональном готическом стиле в 1385 г. по обету короля Жуана I в знак благодарности Деве Марии за одержанную королём победу над кастильцами в битве при Алжубарроте. Шесть последующих королей продолжили строительство обители и нашли здесь последний покой; в их числе — Дуарте I и принц Генрих Мореплаватель. Строительство прекратилось только в 1517 году, когда основные силы были переброшены на возведение монастыря иеронимитов в Белене. В XIX веке в Баталье проводились масштабные восстановительные работы, а в 1980 г. здесь был открыт национальный музей.