По преданию, город построен Персеем[1]. Здесь жили потомки Даная и переселившихся из Элиды амифаонидов, а затем и пелонидов, при которых сильно возвысившийся соседний Аргос подчинил себе Микены. Во времена Троянской войны (XII в. до н. э.) царь города Агамемнон вместе с братом, царём Спарты Менелаем, царём острова Итака Одиссеем и Ахиллесом принимал участие в осаде Трои. После возвращения домой после Троянской войны Агамемнон был убит женой Клитемнестрой и её любовником Эгисфом из-за приношения дочери Ифигении в жертву перед походом ахейцев на Трою. После возвращения гераклидов город стал приходить в упадок.

Микенцы участвовали в битве при Фермопилах, выставив 80 бойцов[2][3]. Вместе с тиринфянами микенцы участвовали в битве при Платеях, вместе их было 400 воинов[4].

В эпоху Греко-Персидских войн город окончательно погиб в борьбе с аргосцами (468 г. до н. э.)[5][6]. Жители переселились в Клеоны, Керинию, Ахайю и к царю Александру Македонскому[7]. По словам Страбона, в его время не оставалось и следов от города, но Павсаний описывает значительные остатки циклопической стены с Львиными Воротами, подземные Сокровищницы Атрея и его сыновей, могилы Атрея и Агамемнона[8].

Около 1450 г. до н. э. микенцы завоевали Крит и начали создавать колонии на берегах Эгейского моря, на островах Родос и Кипр. Торговля велась по всему Средиземноморью, в частности с Финикией, Египтом и Италией. Согласно мифологической традиции в XIII веке до н. э. Микены были сильнейшим государством материковой Греции и, возможно, их правители возглавляли конфедерацию пелопонесских царств, подобных микенскому. С этими представлениями согласуется и сооружение в этот период новой крепости в Микенах, чьи циклопические стены сохранились и по сей день. Однако около 1200 г. до н. э. большинство дворцовых центров Микенской цивилизации были последовательно разрушены. Жители Микен вынуждены были бежать в другие страны.