Вопрос о том, как точно возник Мехргарх — дискуссионный. Жан-Франсуа Жарриж выдвинул утверждение о независимом происхождении Мехргарха. Археолог согласен с тем, что культурный и технологический обмен между Ближним Востоком и Южной Индией мог быть налажен в глубокой древности. Неолитические объекты Восточной Месопотамии и долины Инда имеют неоспоримое сходство, однако, учитывая уникальность Мехрарха, можно предположить, что он имел более ранний этап развития и не являлся продолжением неолитической культуры Ближнего Востока.[1]

Есть ряд археологических и географических фактов, что земледелие распространялось в Южную Индию именно с Ближнего Востока.[2] При этом на раскопках выяснилось — процент ячменя в Мехргархе составлял 90%, зато количество пшеницы очень невелико. Имеются основания предполагать, что ячмень был одомашнен в этом месте самостоятельно. Так же, здесь было проведено самостоятельное одомашнивание коров породы Зебу. При этом пшеница имеет явно происхождение с Ближнего Востока.[3][4][5] Позы похороненных в могилах Мехргарха очень похожи на позы похороненных в Али Кош в горах Загрос, на Юге Ирана. Глиняные статуэтки из Мехргарха напоминают те, которые обнаружили в Teppe Zagheh, рядом с городом Казвин (относятся к 7 тыс. до н. э.).

Фигурки, схожие с найденными в Мехргархане, обнаружены на объекте Джейтун, в 30-ти километрах от Ашхабада, в Туркменистане.[6] Что важно — в Джейтуне выращивался ячмень (дву и шестирядный), и два вида пшеницы (мягкая и однозернянка). Здесь, по-видимому, представлены самые древние свидетельства пахотного сельского хозяйства в Центральной Азии. Результаты исследования Дэвида Р. Харриса показывают, что в этом регионе не было ни одной из диких форм пшеницы однозернянки или ячменя, которые могли бы использоваться для одомашнивания; поэтому они были привезены из других мест, где уже были одомашнены. Сходство фигурок, керамики и маленьких топоров, с такими объектами как Мехргарх, Джармо (Ирак), Тепе Гуран, Тепе Сараб и Ганджи-Даре (три последние находятся поблизости в Иранской Провинции Керманшах), позволяет сделать вывод о существовании культурной и технологической связи между поселениями уже начиная с 8—7 тыс. лет до н. э. Люди мигрировали на расстояния более тысячи километров и при этом сохраняли ряд общих черт на протяжении долгого времени.[7]

Ближний Восток отделён от Долины Инда засушливым плато, хребтами и пустынями Ирана и Афганистана. На этом пути сельское хозяйство возможно только в предгорьях и долинах.[8] Однако это не было преградой для миграций людей неолита. Маршрут к Югу от Каспийского моря является частью Шёлкового пути, некоторые участки которого использовались уже за 3 000 лет до н. э. Они соединяли Бадахшан (Северо-Восточный Афганистан и Юго-Восточный Таджикистан) с Западной Азией, Египтом и Индией.[9] Аналогично, участок от Бадахшана до Месопотамских равнин (Великая Хорасанская дорога), по-видимому, функционировал в 4000 г. до н. э. На протяжении этих маршрутов найден ряд культур, в том числе и в Южной Индии, имеющих сходные черты, что говорит о том, что в период неолита они развивались не разобщённо.[10]

На основе результатов проведенных исследований, Lukacs and Hemphill указывают на сильную преемственность культур неолита и халколита Мехргарха. Но стоматологические и генетические исследования рисуют очень сложную, многоплановую картину миграций, которую нельзя объяснить единой волной с Ближнего Востока. Часть людей 9300 — 3000 лет назад прибыла с Ближнего Востока, что по времени совпадает с развитием земледелия, начавшегося с Плодородного полумесяца и затем пришедшего в Южную Индию. Это так же подтверждает гипотезу о связи населения Элама и дравидийского населения Южной Индии. В то же время разнообразие генов и их распределение говорит о существовании коридора для постоянных миграций населения между Ближним Востоком и Индией.[11]

Исследования Gallego Romero, аспиранта Кембриджского университета, et al. (2011) говорят о генетическом вкладе Западной Евразии, который отражает поток генов из Ирана и Ближнего Востока. Жители долины Инд обладали способностью усваивать лактозу, эта способность так же характерна для европейской мутации в генах, помогающей усваивать лактозу, что является примером ковергентной эволюции, когда одинаковые навыки и мутации вырабатывались независимо. По мнению археологов, это говорит о наличии двойной миграции с Ближнего Востока менее 10 000 лет назад. Первая волна ушла в Европу, вторая на Восток Индии, вероятно когда люди исследовали побережье нынешнего Персидского Залива, где найдены очаги такой же мутации. Важно, что мутация, позволяющая индусам переваривать лактозу, имеет не местное, а европейское происхождение.[12][13]