Рухолла Мусави Хомейни скончался 3 июня 1989 года в возрасте 87 лет[1]. Сразу же после этого в правительстве президента Хашеми Рафсанджани пообещали, что будут активно содействовать развитию духовного наследия аятоллы. Сын Хомейни Ахмад решил похоронить своего отца рядом с могилами мучеников революции на кладбище Бехеште-Захра. Благодаря благотворителям, общественным организациям и государственным средствам, в течение 40 дней после смерти была построена погребальная камера[2]. 5 июня на похороны Хомейни пришло около 10 миллионов иранцев[3][4]. Во время прощания они прорвали оцепление и разорвали саван на память, после чего силы безопасности с помощью водомётов разогнали толпу, тело увезли на вертолете, а церемония была повторена через пять часов[5]. Строительство комплекса началось позже, под руководством архитектора Мохаммеда Теграни[6]. Параллельно, 4 ноября 1990 года президент Ирака Саддам Хусейн предложил построить мавзолей Хомейни в Кербеле[7].

В 1995 году рядом с Хомейни был похоронен его сын Ахмад, умерший в возрасте 49 лет по официальной версии от сердечного приступа из-за неперенесения смерти отца[8] (Ахмад был критиком пост-хомейнистской политики, вследствие чего некоторые обозреватели утверждают, что его устранили иранские спецслужбы)[9]. В 2007 году рядом с Хомейни была похоронена его жена и мать Ахмада — Хадидже Сакафи[10]. В 1995 году смотрителем мавзолея стал внук Рухоллы Хомейни[11].

20 июня 2009 года во время масштабных протестов против результатов президентских выборов[12], в которых с 63 процентами победил Махмуд Ахмадинежад[13][14], и разгона сторонников лидера оппозиции Мир-Хосейна Мусави[15], у северного входа мавзолея террорист-смертник привёл в действие взрывное устройство и погиб, убив одного человека и ранив ещё двух, а также причинив некоторый ущерб самому комплексу[16][17][18][19].

В июне 2010 года Хасан Хомейни был вынужден прервать своё выступление на мероприятии, посвящённом 21-годовщине смерти отца, из-за организованной политической провокации. Вскоре после этого стали распространяться сообщения о том, что Хасан ударил по лицу министра внутренних дел Мохаммада Мустафу Наджара, вследствие чего некоторые обозреватели отметили, что это стало попыткой очернить Хомейни, поддержавшего оппозиционное «Зелёное движение»[20].

10 января 2017 года в мавзолее был похоронен сам Хашеми Рафсанджани, скончавшийся 8 января 2017 года в возрасте 82 лет. Запечатанный металлический гроб с лежащей на нём чалмой был удостоен общественного прощания в Тегеранском университете, во время которого молитву прочёл аятолла Хаменеи, а затем пронесён по улице Революции[en] в сопровождении десятков тысяч людей до мавзолея, где Рафсанджани был положен рядом с Хомейни[21][22][23].

7 июня 2017 года несколько вооружённых человек устроили стрельбу у мавзолея, после чего один из них привёл в действие пояс смертника и погиб, ранив пять человек[24][25][26]. Ответственность за атаку на мавзолей и произошедшее в тот же день нападение на здание парламента, в которых в общей сложности погибло 12 человек, взяла террористическая группировка «Исламское государство», хотя в Корпусе Стражей Исламской революции обвинили Саудовскую Аравию[27][28][29].