Территория Ладакха была заселена с неолита, что подтверждается многочисленными находками пещерных рисунков. Древнейшее население Ладакха предположительно состояло из индоариев, монов и дардов[1], о чём упоминают Геродот, Неарх, Мегасфен, Плиний Старший и Клавдий Птолемей; упоминание о них встречается в географических списках «Пураны»[2]. В I веке н. э. Ладакх входил в Кушанское царство. Во II веке в западном Ладакхе распространился пришедший из Кашмира буддизм. Восточный Ладакх и Западный Тибет до VIII века были населены поклонниками религии бон. В VIII веке Ладакх попал в сферу влияния расширявшегося на Запад Тибета. Одновременно через Центральную Азию распространялось китайское влияние. В 842 году, после распада Тибетской Империи, территорию Ладакха захватил Ньима-Гон, представитель тибетской правящей династии, который и стал основателем династии правителей Ладакха. Во время его правления весь Ладакх был обращён в буддизм (что в литературе часто называется «вторым распространением буддизма»), религиозные идеи были заимствованы в северо-западной Индии, в частности, в Кашмире.

В XIII веке, находясь перед угрозой исламского завоевания, Ладакх решил ориентироваться на Тибет в вопросах религии. До 1600 года соседние мусульманские государства совершали регулярные набеги на Ладакх, что привело к дроблению и ослаблению последнего и обращению части населения в ислам.

Царь Лхачен Бхаган в XIV веке объединил Ладакх и основал новую династию Намгьял, правившую до 1834 года. Представители династии отразили нападения из Центральной Азии и расширили территорию государства, которая в какой-то момент доходила на восток до Непала. В начале XVII века к Ладакху были присоединены Занскар и Спити. Позже Ладакх был завоёван моголами, которые перед этим заняли Кашмир и Балтистан, но смог сохранить свою независимость.

В конце XVII века Ладакх заключил союз с Бутаном против Тибета, что привело к тибетскому вторжению в Ладакх. Кашмир оказал Ладакху помощь и восстановил правление династии Намгьял на том условии, что царь Ладакха обратится в ислам и построит мечеть в Лехе. В 1684 году был заключён Темисгамский мирный договор между Ладакхом и Тибетом, по которому независимость Ладакха была сильно ограничена.

В 1834 году догри, входившие в войска пенджабского сикхского государства под управлением Ранджита Сингха, захватили Ладакх. Восстание в Ладакхе в 1842 году было подавлено, и Ладакх был включён в государство догри, Джамму и Кашмир. Династия Намгьял получила джагир Сток (к югу от города Лех), которым формально владеет по сей день. Начиная с 1850-х годов в Ладакх проникало европейское влияние; в 1885 году в Лехе была основана миссия протестантской Моравской церкви.

В 1947 году во время раздела Британской Индии правитель Джамму и Кашмира махараджа Хари Сингх колебался, следует ли ему присоединиться к Индии или Пакистану, но в конце концов подписал договор о присоединении к Индии. В 1949 году Китай закрыл границу между долиной Нубра и Синьцзяном, перекрыв тем самым старинный торговый путь. В 1955 году Китай начал строить около границы дороги, соединяющие Синьцзян и Тибет. Он также совместно с Пакистаном построил Каракорумское шоссе. В ответ Индия построила вдоль границы шоссе, соединяющее Лех и Сринагар, сократив дорогу между этими городами с 16 дней до двух. Весь штат Джамму и Кашмир является предметом территориальных споров Индии с Пакистаном (Кашмирский конфликт) и Китаем. В 1999 году в ходе Каргильской войны регион чуть не стал ареной ядерной войны. Административно Ладакх, входящий в состав штата Джамму и Кашмир, был в 1979 году разделён на округа Лех и Каргил. В 1989 году произошли столкновения между буддистами и мусульманами. В 1993 году после призывов к большей независимости от правительства штата, в котором доминируют кашмирцы, была создан Автономный горный совет развития Ладакха.

В 2019 году Ладакх стал самостоятельной союзной территорией Индии и был выведен из состава упразднённого штата Джамму и Кашмир.