Город основан в первой половине XIII века. Центр средневековой серебродобывающей индустрии (в XIII веке рудники города давали треть общеевропейской добычи серебра), благодаря чему город был вторым по богатству в Чешском королевстве.

Именно рудники и стали причиной образования первых горняцких посёлков, один из которых получил название «Cuthna Antiqua», что означает «старая монашеская ряса». Один из монахов, по преданию, заснул на соседнем холме, а во сне увидел серебряные слитки. Проснувшись, он действительно обнаружил их в указанном во сне месте и накрыл это место своей рясой. Кутна-Гора стала местом первой в Европе «серебряной лихорадки». Вокруг шахт появилось хаотическое нагромождение лачуг, трактиров, бань, лавок и т. п. Затем разрозненные посёлки объединились, и Кутна-Гора обрела привилегии королевского города.

Была сильно разрушена во времена гуситских войн. Из-за истощения руд к середине XVI века город пришёл в упадок.