Деревянный форт был построен англичанами в 1640 году и носил название форт Уиллорби в честь губернатора Барбадоса лорда Фрэнсиса Уиллоуби, направившего английских поселенцев в Суринам. В ходе Второй англо-голландской войны голландская эскадра под предводительством Абрахама Крийнссена атаковала Английские колонии в Суринаме. 25 февраля 1667 года[1] Крийнссен достиг реки Суринам, где был расположен форт Уиллорби[2]. После короткого обстрела англичане сдали форт, а 6 марта и всю колонию.

Крийнссен был уроженцем Зеландии, поэтому переименовал форт Уиллорби в форт Зеландия[3].

Несмотря на то, что Бредское соглашение 1667 года закрепляло Суринам за Голландией, форт Зеландия был захвачен англичанами 13 октября 1667 года[4]. Крийнссен прибыл в Суринам 20 апреля, и уже 28 апреля 1668 года отбил всю территорию колонии[5].

После того, как французы в 1712 году провели несколько удачных атак на Парамарибо, было принято решение построить новый форт на правом берегу реки. В 1747 году был построен новый форт «Ньив-Амстердам», после этого форт Зеландия утратил стратегическое значение, три бастиона крепости из пяти были разобраны, а сама крепость превратилась в казарму, позднее в тюрьму[6].

В годы Второй мировой войны губернатор Иоганн Киелстра арестовал всех немцев, живших в тот момент в Суринаме, и поместил их в форт. В 1967 году форт был переоборудован в музей. После обретения независимости Суринамом в форт была перемещена статуя королевы Вильгельмины[7].

25 февраля 1980 года в Суринаме был совершён военный переворот. Он был организован старшим сержантом Дези Баутерсе. Баутерсе стал править Суринамом как диктатор, глава созданного им Национального Военного Совета (присвоив себе воинское звание подполковника — высшее в суринамской армии). Он распустил парламент, отменил конституцию, ввёл в стране чрезвычайное положение и создал специальный трибунал, который рассматривал дела членов прежнего правительства и предпринимателей. После переворота в форте Зеландия вновь была оборудована тюрьма, в которой содержались враги режима Баутерсе. 8 декабря 1982 года группа из пятнадцати учёных, журналистов, юристов, профсоюзных лидеров и военных, которые выступали против военного правления в Суринаме, были схвачены и доставлены в форт Зеландия[8], где они были подвергнуты пыткам и казнены солдатами Баутерсе. Было убито 15 человек, причём один человек являлся нидерландским подданным (официально они погибли при попытке побега)[9]. События стали известны как декабрьские убийства[10]. После возвращения демократии в форте вновь был создан исторический музей[7].