До 1881 года Патагония не принадлежала какому-либо государству. До колонизации эту территорию населяли индейцы, но из-за тяжёлых природных условий они существенно отстали в развитии не только от европейцев, но и от других индейцев Америки. В течение XVI—XVIII веков коренное население (теуэльче и др.) было покорено арауканами и перешло на язык мапудунгун (этот процесс получил известность как арауканизация).

В XIX веке в Патагонии появились мигранты из Уэльса (Y Wladfa Gymreig), в результате чего некоторые индейцы освоили валлийский язык для торговли с ними. В конце XIX — начале XX вв. в Патагонии поселились тысячи итальянцев, шотландцев, хорватов, немцев, швейцарцев, голландцев.

Отсутствие достаточного количества пищи существенно ограничивало рост населения. До окончательного захвата европейцами и практически полного истребления индейское население всё же пыталось формировать подобия государств (например, Конфедерация Салинас Грандес). Низкий уровень развития патагонских индейцев и их уничтожение колонизаторами подробно описал в своих книгах Чарльз Дарвин. По договору, заключенному между Чили и Аргентиной, Патагония была разделена вдоль оси Анд до 52° ю. ш.

Аргентинская часть Патагонии делится на 3 провинции: Рио-Негро, Чубут и Санта-Крус.

Чилийская часть охватывает южную часть области Лос-Лагос, континентальные части областей Айсен-дель-Хенераль-Карлос-Ибаньес-дель-Кампо и Магальянес-и-ла-Антарктика-Чилена.