Нынешняя испанская провинция Наварра составляет лишь южную половину одноимённого средневекового королевства — Верхнюю Наварру: Нижняя Наварра, расположенная на северном склоне Пиренеев, входит в состав Франции.

Древнейшими известными жителями Наварры были васконы, потомками их являются баски. Наварра, как и вся территория Испании, последовательно покорялась римлянами, свевами, вестготами (в VI веке), маврами (в VIII веке).

В 778 году Карл Великий занял большую часть территории Наварры, оттеснив мавров, но вскоре потерпел поражение от басков, разбивших предводителя его войск — знаменитого Роланда, и вынужден был уступить почти все завоёванные земли. Его сын, король Аквитании, в начале IX века восстановил испанскую монархию, в состав которой вошла Наварра. Вследствие раздоров во франкском королевстве жители Наварры обрели независимость и избрали своим графом Санчо I Гарсеса, считавшегося потомком вестготского короля Реккареда; завоевав Памплону, он в 905 году провозгласил самостоятельное королевство Наварра; отвоевав у сарацинов район верхнего Эбро, первый король Наварры умер в 925 году.

Наиболее успешным из потомков Санчо Гарсеса стал Санчо III Великий (правил около 1000—1035), завоевавший почти всю северную часть Иберийского полуострова и разделивший её между четырьмя сыновьями; Наварра досталась его сыну Гарсии. Вследствие раздела многие присоединённые Санчо III территории фактически стали самостоятельными королевствами. В 1076 году Наварра утратила независимость, попав под власть арагонского короля, отнявшего престол у Санчо IV. Впрочем, вскоре, в 1134 году, Наварра вновь стала независимым королевством во главе с Гарсией IV.

В 1234 году, после смерти Санчо VII, не имевшего наследников, в Наварре французским графом Тибо Шампанским была основана новая династия. Последняя представительница этой династии, Иоанна, вышла замуж за французского короля Филиппа IV Красивого; таким образом, Наварра перешла под контроль Франции.

По пресечении мужской линии Капетингов (1328) Наварру наследовала Иоанна II, дочь Людовика X, и правителем стал её муж, французский граф Филипп III. По смерти последнего власть перешла к его сыну, Карлу II Злому. Вместе с рукой его внучки, Бланки, в 1441 году королевство отошло к Хуану II Арагонскому; Наварра была соединена с Арагонским королевством на протяжении последующих 38 лет.

В 1479 году земли Наварры были объединены с Беарном: испанский король Хуан II завещал Наварру своей дочери, бывшей замужем за Гастоном, виконтом Беарнским. В 1484 году Наварра перешла дому Альбре, владевшему ею до 1512 года и потерявшему господство над этой частью Пиренейского полуострова в борьбе с испанским королём Фердинандом Католическим.

В Средние века экономическое развитие Наварры оставалось низким; городов на её территории было мало, в горах имелись крестьянские общины.

В 1517 году сын короля Иоанна, Генрих II, наследовал Нижнюю Наварру и Беарн. Его единственная дочь и наследница Жанна д’Альбре вышла замуж за Антуана де Бурбона. Её правление известно, прежде всего, введением в Наварре кальвинизма.

В 1589 году, вместе со вступлением её сына Генриха III на французский престол (под именем Генриха IV), Нижняя Наварра окончательно утратила самостоятельность и была включена в состав Франции. Впрочем, Наварра сохраняла ряд привилегий вплоть до Великой французской революции, а французские короли до 1830 года носили титул королей Франции и Наварры.

Верхняя Наварра находится в составе Испании по сей день. Она, в отличие от Нижней Наварры, сохраняла политические привилегии долго — до первой половины XIX века (так, до 1833 года она имела статус вице-королевства; старинные дворянские привилегии Наварры сохранялись до 1839 года). В 1808 году территория Верхней Наварры была занята войсками наполеоновской Франции; освобождена в 1814 году.

Во время карлистских войн 1833—1840 и 1872—1876 наваррцы поддерживали карлистов, пообещавших восстановить былую автономию Наварры. Результатом поражения карлистов стала утрата Наваррой многих привилегий. В 1876 году Наварра была лишена всяких остатков автономии и стала обычной испанской провинцией.

Во время Испанской революции 1931 Наварра — очаг крестьянских выступлений, направленных на полную ликвидацию феодальных отношений в провинции. В том же году Наварра была объединена со Страной Басков в единое автономное государство в составе Испании. В период гражданской войны 1936—39 гг. Наварра — на стороне националистов Франко, поощрявшего организации карлистов (боевые отряды «рекете»).

В 1975 году, после краха режима Франсиско Франко Наварра перешла под контроль Испании.