До появления европейских колонистов Чамула была важным центром индейского народа цоцили.

В 1524 году она была захвачена испанцами во главе с капитаном Луисом Марином[en]. С 1524 по 1528 годы была энкомьендой известного историка Берналя Диаса дель Кастильо.

В 1869 году в окрестностях поселения произошло восстание местных индейцев, известное в истории, как бунт каст[1].