Conform tradiției istorice, Micene a fost fondată de triburile indo-europene ale aheilor către 2000 î.Hr.. Primele morminte s-au găsit la vest de Acropole, fiind datate din 1800 î.Hr. - 1700 î.Hr.. În acea perioadă, cetatea se reducea la acropole, care era înconjurată de un zid circular.

În timp, Micene a devenit un mare centru urban, la fel ca Argosul, ajungând capitala (sau orașul hegemon) al Argolidei.

Cercul Funerar A (mormintele regale din cetate) cuprinde 9 femei și 8 bărbați. În morminte s-au găsit diferite obiecte, de la săbii la bijuterii. Arheologul german Heinrich Schliemann a găsit mare parte din aceste obiecte, unele declarându-le fără nici o dovadă ale lui Agamemnon (mai târziu, cu ajutorul datării cu carbon, s-a scos la lumină adevărul).

În jurul anului 1350 î.Hr., zidurile cetății au fost reconstruite, fiind denumite de cei de mai târziu ciclopice (construite de ciclopi). Palatele regale a fost de asemenea reconstruite (probabil de mai multe ori), fiind asemănătoare cu restul palatelor din Grecia Aheeană. Toate palatele regale includeau și un megaron.

Într-un templu, a fost găsit un scarabeu al reginei Tiye a Egiptului, soția faraonului Amenhotep III. Astfel s-a dezvăluit puterea maritimă a Micenei, ea făcând comerț cu Egiptul, Fenicia, Mesopotamia sau Asia Mică. Puterea Micene se întindea din Pylos până pe coasta Asiei Mici, unde probabil au fost fondate câteva colonii.

Începând cu anul 1200 î.Hr., civilizația miceniană a intrat în declin. În secolul al XII-lea, Micene împreună cu alte cetăți au fost distruse. Acestă dispariție bruscă a civilizației miceniene este pusă pe umerii dorienilor, care au invadat Elada în aceeași perioadă. O altă teorie ar fi invazia "popoarelor mării", care au distrus Imperiul Hitit - un probabil aliat al micenienilor - și au dus la intrarea în declin a Egiptului.

În perioada Greciei Clasice, Micene a redevenit populată, nerecăpătâdu-și însă puterea de altădată. Mici grupuri de micenieni au participat la luptele de la Termopile și Plateea. În 462 î.Hr., trupe din Argos au distrus orașul și i-au exilat pe locuitori. În perioada elenistică și romană ruinele cetății au devenit un centru turistic, formându-se în apropiere o mică așezare care trăia din comerț. În perioada romană târzie, Micene a fost abandonat.