Codexul a fost creat într-o mănăstire benedictină din Podlažice, de lângă Chrudim, distrusă în secolului al XV-lea. Însemnările din manuscris se încheie în anul 1229.

Codexul a fost mai târziu făcut cadou mănăstirii cisterciene Sedlec și apoi, cumpărat de mănăstirea benedectină din Břevnov. Între 1444 - 1593 a fost păstrăt în biblioteca mănăstirii din Broumov până a fost luat și dus la Praga în 1594 pentru a completa colecția Împăratului Roman Rudolf II.

La sfârșitul războiului de treizeci de ani, în 1648, întreaga colecție a fost furată de armata suedeză. Din 1649 până în 2007, manuscrisul a fost păstrat în Biblioteca Națională a Suediei din Stockholm. La 24 septembrie 2007, după 359 de ani, “Codex Gigas” revine la Praga în cadrul unei expoziții.

De-a lungul timpului, codexul a trecut prin multe dezastre. A fost salvat dintr-un incendiu de un călugăr, însă din pricina greutății sale, nu a putut fi coborât pe scări. Pentru a-l salva totuși, călugrul l-a aruncat pe geam. Manuscrisul nu a suferit deteriorări grave.Eroare la citare: Etichetă <ref> invalidă; nume invalid, e.g. prea multe nume

Ultima mare lucrare din Codex este “Cronicile Boemiei” de Cosmas de la Praga (1045 - 1125). Aceasta este prima isotrie a Boemiei.[1] În manuscris apar o serie de lucrări mici. Prima descrie pocăința pentru relele comise. A doua, după portretul Diavolului, este o lucrare destinată exorcizării. Ultima lucrare se numește “Calendarul” și conține o listă de sfinți, precum și zilele în care sunt comemorați aceștia.

În Codex mai apar două imagini, una reprezentând cerul, cu stele albastre, Soare și Lună, iar cea de-a doua reprezentând Pământul, cu oceane verzi, probabil înainte de Creație.