Exterior do Santo Sepulcro em 1885.

Na sequência da destruição de Jerusalém em 70 d.C., o imperador romano Adriano visitou a cidade do acre em 129–130, ordenando a sua reconstrução segundo um modelo que visava fazer dela uma cidade pagã chamada Élia Capitolina.[1][2] Neste sentido, o imperador ordena que o local identificado com a sepultura de Jesus seja coberto com terra e que nele fosse construído um templo dedicado a Vénus.[3]

Em 313, o imperador Constantino decretou o Édito de Tolerância para com os cristãos (ou Édito de Milão), que implicou o fim das perseguições. Em 326, sua mãe, Helena, visitou Jerusalém com o objectivo de procurar os locais associados aos últimos dias de Jesus. Em Jerusalém, ela identificou o local da Crucificação (o rochedo chamado Gólgota) e a tumba próxima conhecida como Anastasis ("ressurreição", em grego).[1] O imperador decidiu então construir um santuário apropriado no local, a Igreja do Santo Sepulcro, no lugar do templo do imperador Adriano dedicado a Vénus. Os arquitectos inspiraram-se não nas estruturas religiosas pagãs, mas na basílica, um edifício que entre os romanos servia como local de encontro, de comércio e de administração da justiça.[4]

Em 614, a igreja de Constantino foi gravemente danificada durante um incêndio ocorrido durante uma invasão dos persas sassânidas que roubaram os tesouros da igreja, restando apenas alguns restos escassos dela. A basílica foi reconstruída pelos bizantinos durante a reconquista da cidade pelo imperador Heráclio.[5]

Em 638, a cidade de Jerusalém, assim como toda a Palestina, passou para as mãos dos muçulmanos. Os primeiros líderes muçulmanos de Jerusalém revelaram-se tolerantes para com o cristianismo. Em 966, as portas e o telhado da igreja foram queimados durante um motim. Em 1009, o califa fatímida Aláqueme Biamir Alá ordenou a destruição de todas as igrejas de Jerusalém, incluindo o Santo Sepulcro, sendo que somente os pilares da igreja, que eram da época de Constantino, sobreviveram à destruição.[6] A notícia da sua destruição foi um dos factores que estiveram na origem das Cruzadas.[7]

 Diagrama da Igreja do Santo Sepulcro, mostrando diferentes partes da igreja, em especial a capela onde Jesus foi enterrado e o altar da Crucificação.

Em vastas negociações que variam entre os fatímidas e o Império Bizantino entre 1027 e 1028, foi feito um acordo pelo qual o novo califa Ali az-Zahir (filho de Aláqueme) concordou em permitir a reconstrução e redecoração da Igreja.[6] A reconstrução foi finalmente concluída com o financiamento da despesa feita pelo imperador Constantino IX Monômaco e Nicéforo, patriarca de Jerusalém, em 1048. Em 1099, os cruzados conquistaram Jerusalém e tomaram posse dessa igreja que, no seu essencial, é a que existe atualmente.[8] A nova igreja foi consagrada em 1149. Debaixo da igreja encontra-se a cripta de Santa Helena, local onde a mãe de Constantino afirmou ter encontrado a Verdadeira Cruz na qual Jesus Cristo teria sido crucificado.

Com o regresso de Jerusalém ao domínio islâmico em 1187, Saladino proibiu a destruição de qualquer edifício religioso associado ao cristianismo. No século XIV, o local começou a ser administrado por monges católicos e por monges ortodoxos gregos. Outras comunidades pediam também a possibilidade de gerir o local (coptas egípcios e coptas sírios).[9]

No século XVIII, procedeu-se à reparação da cúpula da Igreja do Santo Sepulcro. Em 1808, um incêndio danificou o local e a restauração iniciou-se em 1810. Novos restauros ocorrem entre 1863 e 1868. Em 1927, um abalo sísmico em Jerusalém causou graves estragos à estrutura.[10]

Em 2016, a Igreja do Santo Sepulcro passou por uma profunda reforma, visando a restauração e estudos arqueológicos de sua Edícula, e, pela primeira vez desde 1555,[1] o túmulo onde Jesus teria sido sepultado foi aberto e, segundo os cientistas e arqueólogos envolvidos na abertura, a estrutura original da caverna estava intacta.[10][11] O túmulo ficou aberto por 60 horas e fechado novamente[12] e, provavelmente, só será reaberto em centenas ou até milhares de anos.[13] Aproveitando as obras de restauro, arqueólogos retiraram pedaços de argamassa de diversas partes do local para precisar as datas de construção, restado comprovadas as datas supramencionadas; o ano de 335, a construção do local e sua restauração em meados do século XVI, além da confirmação de que a entrada e Edícula atuais foram construídas no século XI, após a destruição do local em 1009.[14][15] O custo das obras de restauração de 2016 foi de 3,5 milhões de dólares.[9][16] Foi reaberta para visitação ao público em 22 de março de 2017.[17]

No dia 25 de fevereiro de 2018, os administradores do templo o interditaram como forma de protesto à cobrança de impostos por parte do município de Jerusalém.[18]