As lagoas da Mata e Torrevieja já se exploravam em 1321, data em que a segunda foi cedida pela Coroa à cidade de Orihuela. A Mata foi outorgada a Orihuela no ano 1364, depois de ser confiscada a Guardamar, ainda que cedo voltaria a ser posse da Coroa. Mais tarde, em 1389, a própria Coroa concedeu à mesma população a possibilidade de transformar a lagoa de Torrevieja em albufeira com o fim de exploras a pesca, mas a construção do Acequión que a comunicava com o mar se demorou quase um século, e foi em 1482 quando se comprovou a inviabilidade do projeto ao não entrar os peixes na lagoa pela elevada salinidade de suas águas.

Desde o século XV, a lagoa de Mata foi um dos principais centros produtivos e exportadores de sal do Mediterrâneo, sendo seu porto assiduamente visitado por navios de numerosos estados europeus.[1] Em 1759, declarou-se a reversão da propriedade da lagoa de Torrevieja ao Estado, iniciando poucos anos depois as primeiras provas de extração de sal nela, baixo a direção do Administrador das Reais Salinas da Mata. As melhores condições portuárias de Torrevieja e o sismo de 1802, que danificou as instalações da Mata, condicionaram a conversão da Administração a Torrevieja.[2]

Desde então vieram-se explorando as lagoas para a extração de sal e sua exportação por toda Europa. Não seria até os anos 1980 quando a consciência pela natureza que rodeia este meio fora objeto de debate para sua proteção. Foi declarado parque natural em 1988 pela Generalitat Valenciana, mas o decreto foi anulado por problemas de forma dois anos depois. A declaração definitiva produziu-se a 10 de dezembro de 1996.