Henrique, abade do mosteiro cisterciense de Sedlec, foi mandado à Palestina pelo rei Otacar II da Boêmia em 1278. Ao retornar, trouxe consigo uma pequena quantidade de terra do Gólgota, que ele esparramou sobre o cemitério da abadia. A história do ato devoto logo se espalhou, e o cemitério de Sedlec tornou-se um local de enterro desejado por muitos na Europa Central. Durante a peste negra em meados do século XIV, e após as Guerras Hussitas no começo do século XV, milhares de pessoas foram sepultadas ali, forçando uma grande expansão da área do cemitério.[1]

Por volta de 1400, uma igreja gótica foi construída no centro do cemitério, com um nível superior abobadado e uma capela subterrânea que deveria ser utilizada como ossuário para as covas coletivas desencavadas durante a construção, ou que foram simplesmente esvaziadas para dar lugar a novas sepulturas. Reza a lenda que, após 1511, a tarefa de exumar os esqueletos e empilhar seus ossos na capela foi dada a um monge cego.[1]

Entre 1703 e 1710, uma nova entrada foi construída para sustentar o muro frontal que estava se inclinando, e a capela superior foi reconstruída. Esta obra, em estilo barroco checo, foi projetada por Jan Santini Aichel.

Em 1870, o xilógrafo František Rint foi contratado pela família Schwarzenberg para organizar os ossos. O resultado macabro fala por si. Quatro enormes montes em forma de sino ocupam os cantos da capela. Um gigantesco candelabro, que contém todos os ossos do corpo humano, ergue-se no centro da nave, com guirlandas de crânios guarnecendo a abóboda. Entre outras obras feitas de ossos estão as colunas flanqueando o altar, um brasão dos Schwarzenberg e a assinatura de Rint em uma parede próxima à entrada.[1][2]