Alta Sinagoga (em tcheco: Vysoká synagoga) foi financiada por Mordechai Maisel e foi concluída em 1568, mesmo ano da Vila Judia Salão. Provavelmente foi modelado após a Alta Sinagoga, Cracóvia, que foi construída em 1556 na Polônia. A casa foi projetada por P. Roder em estilo renascentista (o construtor supervisor foi o mestre Rada). Foi projetado como um local de pregação para conselheiros da prefeitura judaica. No centro havia bimah, cercado por assentos. Mordechai Maisel deu pedaços da Torá e ferramentas de prata para a sinagoga. O teto de estuque era uma abóbada gótica com nervuras.

Em 1689 foi destruída pelo Grande Incêndio. A sinagoga foi reconstruída.

Em 1883 a sinagoga foi reconstruída por J. M. Wertmüller. Durante esta modificação, a fachada foi simplificada para a aparência moderna.

Em 1907 a entrada leste foi fechada, e uma nova entrada foi feita para a Rua Vermelha (Červená ulice).

Outras reconstruções foram durante 1961, 1974-79 e 1982.

Durante o regime nazista e comunista, a sinagoga fazia parte do Museu Judaico e havia uma exposição de livros hebraicos antigos.