Foi construído e inaugurado a 22 de maio de 1998, no âmbito da Expo 98, a última exposição mundial do século XX, com o tema "Os Oceanos, um Património para o Futuro".[1][2]

Os designs conceitual, de arquitetura e de exibição são do arquiteto norte-americano Peter Chermayeff. O seu pavilhão lembra um porta-aviões e está instalado num cais rodeado de água.

Em abril de 2011, a inauguração de um novo edifício, o "Edifício do Mar", da autoria do arquiteto Pedro Campos Costa, marcou a conclusão do projeto de expansão do Oceanário. As novas instalações aumentaram a oferta da instituição com serviços que reforçam o papel da mesma na promoção do conhecimento dos oceanos. O novo edifício inclui uma área dedicada a exposições temporárias, uma nova área de acolhimento aos visitantes e bilheteiras, um auditório e um restaurante, o "Tejo".

Em 18 de dezembro de 2009 o Oceanário atingiu 14 milhões de visitantes[3]. Em 2010 foi visitado por 951.543 pessoas[4]. Em 2012 havia atingido 16 milhões, constituindo-se em uma referência de cultura, lazer, entretenimento e educação no país. Em 2012, recebeu cerca de 900 mil visitantes, cerca de 320 mil portugueses e 600 mil turistas[5].

A instituição mantém parcerias com instituições e universidades em projetos de investigação científica e de conservação da natureza. Através do seu Programa de Educação desenvolve ainda, desde junho de 2005, um projeto de responsabilidade social, o "Vaivém Oceanário - Educação Ambiental em Movimento", com a missão de divulgar o Oceanário pelo país, oferecendo experiências educativas de acesso livre, organizadas a pedido dos municípios. Em fins de maio de 2012, o Vaivém visitou o 100º município, o de Vila do Porto, na ilha de Santa Maria, nos Açores, em sua primeira viagem fora do território continental.[6]

A empresa Oceanário de Lisboa, da qual a Parque Expo foi a única accionista, registou um resultado líquido de 975.869 euros em 2012, valor que representa uma quebra de 30,6% em relação ao ano anterior. Também o número de visitantes deste equipamento foi inferior, em 5%, ao de 2011. A concessão a privados do Oceanário de Lisboa era uma das medidas previstas pelo Governo em 2014[7].

Em abril de 2015, a Parque Expo, empresa pública em liquidação criada para gerir a Expo'98, entregou ao Estado o edifício do Oceanário e um outro de apoio para pagar parte da sua dívida. O montante global da operação foi de 54,2 milhões de euros.[8]

O Oceanário assinalou em 27 de fevereiro de 2016 os 20 milhões de visitantes.[9]

Privatização

Em julho de 2015 o oceanário foi concessionado por 30 anos.

Foram apresentadas 5 propostas:

Grupo espanhol Aspro Parks (proprietário do parque de diversões aquáticas Aqualand, em Alcantarilha, no Algarve, entre outros parques europeus) Empresa portuguesa Mundo Aquático (gestora do parque algarvio Zoomarine) Fundação Francisco Manuel dos Santos (da família Soares dos Santos) Grupo francês Compagnie des Alps (administrador de mais de uma dezena de parques de lazer, incluindo o Futuroscope e o Parc Asterix, museus e áreas de esqui) Empresa espanhola Parques Reunidos, que gere 56 parques na Europa, nos Estados Unidos e na Argentina.[10]

A Sociedade Francisco Manuel dos Santos, maior accionista do grupo Jerónimo Martins, venceu o concurso de concessão do Oceanário. O Estado conseguiu um encaixe financeiro de 114 milhões de euros.