Achados arqueológicos indicam que os jônios chegaram a Míconos no começo do século XI a.C.. Descobertas mais recentes revelaram reminiscências de tribos do período Neolítico. Na mitologia grega, Míconos foi o local da batalha entre Zeus e os Gigantes. A ilha recebeu o nome do filho do deus Apolo, Míconos. Na Antiguidade, Míconos, graças à sua proximidade com a populosa ilha de Delos (situada a cerca de 2 km da mesma) foi uma importante fonte de suprimento e possivelmente um local de refúgio para os moradores desta.

 Vista da cidade de Míconos.

Hoje, Míconos é uma ilha bastante cosmopolita, graças a ter se tornado destino, nas últimas décadas, de visitantes do jet set internacional. Muitas celebridades gregas e internacionais têm residências de verão na ilha, e frequentemente podem ser vistas nas belas casinhas brancas da ilha ou em tavernas locais. As belas praias da ilha também atraem praticantes de windsurf e nudismo.