Mesquita Malindi é uma mesquita em Stone Town, Zanzibar, Tanzânia, localizada perto do porto. Origina-se na década de 1830, mas foi possível construir no local de uma mesquita mais antiga que pode ter datado do século XVII ou anterior. Alguns guias de viagem afirmam uma origem no século 15.

A mesquita atual foi construída em 1834-1835/1250 AH por Muhammad ben Abdulkadir al-Mansaby da costa de Benadir na Somália. Ele era um rico comerciante em Zanzibar durante as décadas de 1820 a 1840. O edifício foi ampliado duas vezes em 1841 e 1890.

Tem algumas características arquitetônicas incomuns, incluindo um minarete em forma de cone (um dos apenas três minaretes dessa forma na África Oriental) e uma plataforma quadrada.