“ (...) constitui antiga aspiração criar, na Madeira, um jardim botânico, por se se considerar que nesta ilha se reúnem as condições de clima propícias a cultivar um grande número de plantas, desde as características das regiões tropicais, até às das regiões frias. ”  

Remonta ao século XVII a ideia de dotar a Madeira de um Jardim Botânico.

A primeira vez que se mencionou a possibilidade de criar um organismo botânico na Madeira ocorreu em maio de 1798, através de um documento que João Francisco de Oliveira havia enviado a Domingos Vandelli, diretor do Real Jardim Botânico de Lisboa, intitulado Apontamentos para se estabelecer na Ilha da Madeira hum viveiro de plantas e huma Inspecção sobre a Agricultura da mesma Ilha.

Durante o século XIX vários cientistas e técnicos afetos à Botânica, tais como o naturalista alemão J.R. Theodor Vogel em 1841, o botânico austríaco Friedrich Welwitsch em 1852 e o naturalista barão Castello de Paiva em 1855, reforçavam a necessidade de ser criado um jardim botânico na ilha da Madeira, atendendo às suas condições climatéricas, importância botânica e potencialidades florísticas.[1]

Em abril de 1950, a primeira Conferência da Liga para a Proteção da Natureza, realizada no Funchal, culminava com um parecer que seria um importante impulso para a criação de um jardim botânico na ilha. Foi durante a presidência de António Teixeira de Sousa, iniciada em 1951, que a Junta Geral adquiriu a Quinta do Bom Sucesso com a finalidade de albergar o Jardim Botânico.

Fundado pelo engenheiro Rui Vieira, o Jardim Botânico da Madeira foi inaugurado a 30 de abril de 1960.[2]

Ao longo dos tempos o Jardim Botânico foi crescendo em área, começando com uma superfície de pouco mais de 10 hectares até aos atuais 80 hectares, através da aquisição de terrenos confinantes a este.

Atualmente o Jardim Botânico da Madeira é propriedade do Governo Regional, integrado desde 1992 na Direção Regional de Florestas, da Secretaria Regional do Ambiente e Recursos Naturais.