Antes da chegada dos europeus, no século XVIII, a área ao redor do estreito e da baía era habitada por nativos americanos – o povo Ohlone ao sul e a costa de Miwok ao norte. Descendentes de ambas as tribos permanecem na área.[1][2]

A abertura para o estreito foi surpreendentemente difícil para os primeiros exploradores europeus, presumivelmente devido à neblina persistente do verão. A primeira observação registrada do estreito ocorreu quase duzentos anos depois das primeiras explorações europeias da costa. Em 1769, o sargento José Francisco Ortega, líder de um grupo de escoteiros enviado ao norte ao longo da Península de São Francisco por Don Gaspar de Portolá de seu acampamento de expedição no Vale de San Pedro para localizar os promontórios de Point Reyes, relatou a Portolá que não poderia chegar ao local devido à existência do estreito.  Em 5 de agosto de 1775, Juan de Ayala e a tripulação de seu navio San Carlos se tornaram os primeiros europeus conhecidos a passar pelo estreito, ancorando em uma enseada atrás da Ilha Angel, a enseada agora nomeada em honra de Ayala. Até a década de 1840, o estreito era chamado de "Boca del Puerto de San Francisco" ("Boca do Porto de São Francisco"). Em 1º de julho de 1846, antes da descoberta de ouro na Califórnia, a entrada ganhou um novo nome. Em suas memórias, John C. Frémont escreveu: "A este Portão dei o nome de 'Chrysopylae', ou 'Golden Gate'; pelas mesmas razões que o porto de Bizâncio se chamava Crisoceras ou Corno de Ouro". Ele continuou a comentar que o estreito era "uma porta dourada para o comércio com o Oriente".[3][4][5]