Pré-história e Antiguidade

Chania situa-se no local onde existiu a localidade minoica a que os gregos chamavam Cidónia (Kydonia, "marmeleiro"). O termo aparece em escritos em Linear B como ku-do-ni-ja. Há alguns vestígios arqueológicos notáveis da existência dessa cidade minoica no subsolo de algumas partes da Chania moderna, os quais foram descobertos em escavações levadas a cabo na zona de Kasteli, na parte antiga da cidade. Aparentemente, esta área é habitada desde o Neolítico. Cidónia surge depois do fim da era minoica como uma importante cidade-estado da Grécia Clássica, cujos domínios se estendiam desde a baía de Chania até ao sopé das Montanhas Brancas.

A primeira vaga de colonizadores oriundos da Grécia continental foi de Dóricos, que chegaram c. 1 100 a.C. Cidónia estava constantemente em guerra com as cidades vizinhas de Áptera, Falasarna e Polirrénia e era suficientemente importante para que Homero a mencionasse na Odisseia. Em 69 a.C., o cônsul romano Quinto Cecílio Metelo Crético derrotou os Cretenses e conquistou Cidónia, mas concedeu à cidade privilégios de cidade-estado independente. Cidónia teve o direito de cunhar as suas próprias moedas até ao século III d.C.

Períodos bizantino e árabe

O primeiro período de governo bizantino, entre 395 e 824 d.C., bem como a governo dos Árabes, que chamaram a Chania al Hanim ("a estalagem"), estão muito mal documentados. Durante o emirado de Creta, a população cristão foi perseguida e fugiu para as montanahs. Os Bizantinos retomaram a cidade em 961, dando início ao que é comum chamar o "segundo período bizantino", o qual durou até 1204. É neste período que o nome da cidade foi mudado para o grego Chania. Os Bizantinos dotaram a cidade de poderosas fortificações para impedirem outra invasão árabe, usando materiais de antigas edificações da área. Nesta altura, Chania era a sé de um bispo.

Período veneziano  Rua do centro histórico

Depois da Quarta Cruzada (1204), durante a qual Constantinopla foi conquistada pelos chamados latinos (europeus ocidentais), Creta foi dada a Bonifácio de Montferrat, que a vendeu aos Venezianos por 100 marcos de prata. Em 1252, os Venezianos lograram submeter os Cretenses, mas em 1263, os seus rivais Genoveses, com apoio local, tomaram Chania sob o comando de Enrico Pescatore, e mantiveram-na até 1285, quando voltou às mãos dos Venezianos.

Durante o período veneziano, Chania foi a capital da região, ou seja, o local residência do rectore (administrador geral) e floresceu como um importante centro comercial da fértil região em que se encontra. O governo veneziano foi inicialmente duro e opressivo, mas lentamente as relações entre governados e governantes foram melhorando. O contacto com Veneza deu origem a uma entrelaçamento das culturas cretense e veneziana, o que não implicou que os cretenses tivessem abandonado a sua ortodoxia grega. A cidade passou a ser conhecida como La Canea, nome ainda usado em italiano e em francês (La Canée), as suas fortificações foram reforçadas e a cidade ganhou a forma que ainda hoje conserva.

Depois da Queda de Constantinopla em 1453, muitos padres, monges e artistas procuraram refúgio em Creta e reforçaram a religião e cultura bizantina na ilha. No período que se seguiu, Chania foi um local onde se misturavam elementos culturais bizantinos, venezianios e gregos clássicos. Muitos dos edifícios importantes da cidade datam dessa época e as atividades intelectuais (escrita, música, educação, etc.) foram também promovidas.

Período otomano

As fortes muralhas não impediram o exército otomano de conquistarem Chania em 1645, após dois meses de cerco. Os invasores desembarcaram perto do Mosteiro de Gonia, em Císsamos, a oeste da cidade, que saquearam e incendiaram. O cerco a Chania começou em 2 de agosto de 1645. O número de mortos durante o cerco foi muito elevado, particularmente entre os Otomanos. Quando voltou para casa, o comandante dos sitiantes foi executado por ter perdio 40 000 homens. Mais tarde, as igrejas foram transformadas em mesquitas.

Os Turcos residiam sobretudo nos bairros orientais de Kasteli e Splantzia, onde converteram a igreja dominicana de São Nicolau na mesquita central "do Soberano" (em turco: Hünkar Camısı). Também construíram novas mesquitas, como a Mesquita Küçük Hasan Paşa (conhecida como Mesquita dos Janízaros) ou a Mesquita Yali (Mesquita Nova). Os banhos públicos (amãs) e fontes eram uma das caraterísticas da cidade turca. O paxá de Creta residia em Chania.

Em 1821, durante a revolta dos Gregos contra o Império Otomano, ocorreram conflitos entre Gregos e Turcos em Chania, que provocaram mortos em ambos os lados. O bispo de Císsamos, Melhisedek Despotakis, foi enforcado numa árvore na praça Splantzia por ter participado nos eventos revolucionários. Em 1878, foi assinado o Pacto de Chalepa, na cidade com aquele nome, atualmente um subúrbio de Chania. O pacto tornava Creta uma espécie de estado parlamentar autónomo dentro do Império Otomano.

O cretense Venizelos, foi o líder da revolta contra os turcos em 1896, e seria mais tarde primeiro-ministro da Grécia.

Em 1971, a capital de Creta mudou-se para Heraclião.