Estudos numismáticos e linguísticos têm fornecido as principais pistas para o estabelecimento da origem dos cáunios. Moedas do século V a.C.,[1] bem como inscrições cárias, mostram que o alfabeto cáunio tinha grande semelhança com o cário, ainda que o cário tenha sido decifrado apenas recentemente.[2] Isso mostra como a cidade se desenvolveu de maneira relativamente autônoma apesar da influência cultural dos cários.

Em termos de cultura material, a evidência mais antiga do sítio de Cauno é o pescoço de uma ânfora protogeométrica datada de aproximadamente IX a.C. Uma estátua encontrada no portão oeste da muralha da cidade e cacos de cerâmica provenientes da Ática, indicando um comércio já em desenvolvimento, revelam ocupações no século VI a.C. Porém, não há estruturas arquitetônicas conhecidas datadas de antes do século IV a.C.[3]

Cauno foi capturada pelo general medo Hárpago, a serviço do rei aquemênida Ciro, o Grande no século VI a.C., depois da capitulação de Xanto, na Lícia.[4] Heródoto, nas suas Histórias, comenta sobre as origens dos cáunios, em que corrobora a ideia de contato próximo com os cários e também traz descrições curiosas sobre os costumes locais:

No livro 5, parágrafo 103, Heródoto também comenta que a cidade se juntou à revolta jônica contra a dominação persa. Com a expulsão de Xerxes I ao fim das Guerras Médicas, os persas foram gradualmente sendo expulsos da costa da Ásia Menor, e Cauno se juntou à Liga de Delos.[6] A princípio, a cidade era obrigada a pagar apenas 1 talento de imposto para a liga, quantidade que foi multiplicada por 10 em 425 a.C.[7] Isso indica que a cidade havia se tornado um porto bastante próspero, possivelmente por causa do aumento da produção agrícola e da demanda por artigos de exportação cáunios, tais como sal,[8] peixe salgado, escravos, resina de pinho e aroeira preta - matérias-primas para a fabricação do alcatrão usado na construção e reparo de navios,[3][9] e figos secos.[10]

Durante os séculos V e IV a.C., por causa da crescente influência grega, a cidade começou a usar o nome grego de Kaunos como alternativa ao seu nome mais antigo, Kbid. É nesse período que pode-se dizer que Cauno se transforma em uma cidade grega. O mito sobre a fundação da cidade pelo rei Cauno provavelmente data deste período.

Após a Paz do rei, em 387 a.C., Cauno voltou a fazer parte dos domínios persas, mas sem perder suas novas características gregas. Durante esse período, a cidade foi anexada à satrapia da Cária e passou por mudanças drásticas, em particular durante a administração dos sátrapas Hecatomno (390–377 a.C.) e seu filho Mausolo (377–353 a.C.). A cidade foi aumentada, modelada em terraços e recebeu uma grande muralha. Ao mesmo tempo, a cidade consolidou suas características gregas, com uma ágora e templos dedicados a divindades gregas. A campanha de Alexandre, o Grande em 334 a.C. e o declínio do Império Aquemênida também aumentou essa influência helenística. Depois da morte de Alexandre, quando das décadas de guerra dos diádocos pela divisão do seu império, a localização estratégica dos portos de Cauno fez com que a cidade fosse sucessivamente invadida, e seu governo mudou de mãos com frequência. Rodes finalmente adquiriu o controle da cidade, comprando-a dos ptolomeus por 200 talentos, em 191 a.C.[11] Cauno passou a pertencer à peraea de Rodes, ou seja, ao território oposto à ilha e dominado por ela.[12]

Devido às disputas entre os reinos helenísticos, o Império romano conseguiu expandir sua influência na área e gradualmente passou a anexar territórios na Ásia Menor. Em 167 a.C., os romanos "libertaram" Cauno do domínio ródio.[13] Finalmente, em 133 a.C., os romanos estabeleceram a província da Ásia, que cobria grande parte da Anatólia ocidental. Cauno se situava na fronteira dessa província, e sua administração foi delegada à Lícia.

Em 88 a.C., o rei Mitrídates VI do Ponto invadiu a província, tentando impedir a expansão romana. Os cáunios se aliaram a ele e mataram todos os habitantes romanos da cidade.[14] Depois da paz de 85 a.C., os cáunios foram punidos pela aliança com Mitrídates e colocados novamente sob controle dos ródios. Durante o domínio romano, Cauno recebeu novas construções no seu lado oeste.[15] O anfiteatro da cidade foi ampliado e foram construídos banhos romanos e uma palestra. A fonte da ágora foi renovada[16] e novos templos foram erigidos.

Cauno se tornou um centro cristão logo de início, e, quando o Império romano adotou oficialmente a religião cristã, o nome da cidade passou a ser Haghia Caunus. O bispado é conhecido desde o século IV. Quatro bispos são mencionados pelo teólogo francês Michel Le Quien (I, 981): Basílio, que participou do Concílio de Selêucia em [[359]; Antípatro, que participou do Concílio da Calcedônia em 451; Nicolau, autor de uma carta ao imperador bizantino Leão I, o Trácio (r. 457–474) em 458; e Estêvão, que participou do Segundo Concílio de Niceia em 787. O Sinecdemos de Hiérocles e a maioria das Notitiae Episcopatuum até os séculos XII ou XIII situam o bispado de Cauno na Lícia, como diocese sufragânea da sé titular de Myra.[17]

Hoje em dia, a diocese está incluída, sob a forma latinizada do seu nome, Caunus, entre as arquidioceses reconhecidas pela Igreja católica.[17][18] O bispo titular mais recente, Angelo Barbisotti, faleceu em 1972 e desde então o cargo está vacante.[19]

De 625 em diante, Cauno foi alvo de diversos ataques de árabes muçulmanos e piratas. No século XIII, tribos turcas invadiram a área. Em consequência, o antigo castelo na acrópole foi fortificado com muralhas, obtendo um típico aspecto medieval. No século XIV, as tribos turcas já haviam conquistado boa parte da Cária, o que resultou em um declínio acentuado no comércio marítimo.

A crise econômica resultante fez com que muitos cáunios se mudassem para outros lugares. No século XV, os turcos capturaram toda a área ao norte da Cária, e Cauno foi vítima de uma epidemia de malária, o que fez com que a cidade fosse abandonada. A cidade antiga também foi devastada por um terremoto e, depois, gradualmente coberta pela areia e uma densa vegetação rasteira. A cidade ficou esquecida até que o arqueólogo inglês Richard Hoskyn encontrou uma tabuleta jurídica que se referia ao Conselho de Cauno e aos habitantes da cidade. Hoskyn visitou as ruínas em 1842 e chamou finalmente a atenção para a cidade.[20]