Świątynia na szczycie Wzgórza Mandalaj istniała już co najmniej od XVIII wieku[1], a kronika Hmannan Yazawin przypisuje nawet jej wybudowanie królowi Anawrahcie (XI wiek)[2].

Król Mindon zaczął rozważać wybudowanie nowej stolicy u stóp Wzgórza Mandalaj pod koniec 1856 roku. Do podjęcia ostatecznej decyzji miały nakłonić go dwa sny, jakie miał na początku roku 1857. W jednym z nich odwiedziła go kobieta o imieniu Mi Tu Aung, która ponaglała go do wybudowania nowego miasta powołując się na stare proroctwa. W drugim ze snów mężczyzna o imieniu Nga Htin pokazał królowi garście trawy ściętej na Wzgórzu Mandalaj; nakarmienie nią królewskich koni i słoni miało zapewnić bezpieczeństwo królestwu[3]. Sny, przepowiednie i obliczenia astrologiczne odgrywają w kulturze birmańskiej ważną rolę i pojawiają się niejednokrotnie w historii Birmy jako przyczyna różnego rodzaju działań podejmowanych przez jej królów.

Rozbudowa Wzgórza Mandalaj toczyła się równocześnie ze wznoszeniem Pałacu i powstawaniem nowego miasta. Największym przedsięwzięciem Mindona było wybudowanie pagody, w której znalazł miejsce olbrzymi posąg Buddy prorokującego powstanie przyszłego Mandalaj (Shweyathaw). Poza tym kazał on wybudować kilka innych pagód na Wzgórzu oraz domy dla pielgrzymów u jego podnóża.

Po zdobyciu Mandalaj przez Brytyjczyków i wygnaniu króla (1885) kompleks buddyjskich świątyń wokół pałacu wraz ze Wzgórzem Mandalaj znalazł się na terenie wojskowego garnizonu. Do roku 1890 Birmańczycy nie mieli w ogóle dostępu do świątyń ani Wzgórza. Sytuację zmieniła dopiero pozytywna odpowiedź królowej Wiktorii na skierowaną do niej petycję[1]. Jednak Brytyjczycy nie przywiązywali żadnej wagi do utrzymania budowli religijnych, tak że popadały one stopniowo w ruinę. W roku 1883 wszystkie budynki na Wzgórzu Mandalaj zostały zniszczone przez pożar. Pomiędzy rokiem 1885 a 1900 spłonęły budynki sal wypoczynkowych dla pielgrzymów ulokowane u stóp Wzgórza. Pierwsze drobne prace naprawcze władze kolonialne podjęły dopiero około roku 1907. Spośród drewnianych budowli wzniesionych na Wzgórzu Mandalaj przez króla Mindona do czasów dzisiejszych dotrwał jedynie klasztor Shwegyin na jego północnym stoku[4].

Ważną rolę w odbudowie i utrzymaniu świątyń znajdujących się na Wzgórzu odegrał U Khanti. Przez 12 lat był on buddyjskim mnichem, następnie został pustelnikiem (birm. ရသေ့ /yaθḛi/) i poświęcił się odnawianiu birmańskich świątyń oraz miejsc kultu, zwłaszcza tych położonych w Mandalaj i jego okolicach. Począwszy od roku 1907[5] U Khanti przez ponad 40 lat gromadził fundusze przeznaczane następnie na renowację istniejących i wznoszenie nowych świątyń, między innymi właśnie na Wzgórzu Mandalaj, u stóp którego zamieszkał. Wprowadzoną przez niego nowością było umieszczanie inskrypcji z nazwiskami donatorów na odnowionych dzięki nim budynkach - budowa i utrzymywanie świętych miejsc dzięki datkom indywdualnych donatorów było w ówczesnej Birmie nowością, gdyż wcześniej był to chwalebny obowiązek króla i jego dworzan wiążący się z olbrzymią zasługą religijną mającą silny pozytywny wpływ na formę odrodzenia w przyszłym życiu. Wprowadzona przez U Khantiego w życie idea "cząstkowego" udziału w tej zasłudze stanowi do dziś podstawę finansowania miejsc kultu[6].

W marcu 1945 cofająca się przed wojskami brytyjskimi japońska 15. Dywizja uczyniła z Mandalaj punkt oporu. Jednym z kluczowych elementów obrony miasta były ich siły obsadzające górujące nad okolicą Wzgórze Mandalaj. Stoki Wzgórza zostały umocnione prowizorycznymi bunkrami, a budynki i piwnice znajdujących się na nim świątyń stanowiły dla żołnierzy japońskich doskonałe kryjówki, a więc zdobycie Wzgórza Mandalaj stanowiło bardzo trudne zadanie. Problem został jednak rozwiązany niespodziewanie szybko dzięki żołnierzom 4. batalionu 4. Pułku Strzelców Gurkhijskich 19 Dywizji Piechoty 14. Indyjskiej Armii Brytyjskiej, którzy przed świtem 9 marca przypuścili na wzgórze szturm i po gwałtownej, wielogodzinnej walce z użyciem kukri osiągnęli jego szczyt. Następujący po nich Brytyjczycy z Królewskiego Pułku Berkshire (ang. Royal Berkshire Regiment) w ciągu kilku dni oczyścili Wzgórze z japońskich kryjówek używając do tego m.in. benzyny i materiałów wybuchowych[7].

Zdobycie Wzgórza Mandalaj upamiętnia umieszczona na nim marmurowa tablica[a].