Świątynię wzniesiono w V wieku, za rządów Północnej dynastii Wei. W latach 785–820 dokonano znaczącej rozbudowy obiektu, wznosząc m.in. trójkondygnacyjny pawilon liczący 32 m wysokości[1]. W 845 roku, na skutek antybuddyjskiej polityki cesarza Wuzonga, kompleks świątynny został niemal doszczętnie spalony. Jedynym budynkiem, który przetrwał była pagoda Zushi[2]. Dwanaście lat później, w 857 roku, kompleks odbudowano, wznosząc Wielki Pawilon Wschodni w miejscu dawnego trójkondygnacyjnego pawilonu. Większość funduszy na budowę pawilonu pochodziła od Ning Gongyu. Prace budowlane prowadzone były pod nadzorem mnicha Yuanchenga. W 1137 roku, w epoce Jin, wzniesiono w północnej części kompleksu Pawilon Mandziuśriego wraz z innym pawilonem poświęconym Samantabhadrze, który jednak został spalony w okresie dynastii Qing (1644–1911)[3][4].

W 1930 roku Towarzystwo Badań nad Architekturą Chińską rozpoczęło poszukiwania zabytkowych obiektów na terenie całego państwa. W 1937 roku, po siedmiu latach poszukiwań, Liang Sicheng (1901–1972), chiński historyk architektury, dotarł do nieznanej dotąd przez społeczność naukową świątyni, przeprowadził badania i określił, że pochodzi ona z epoki Tang[5]. Liang ustalił okres powstania po tym, jak jego żona odnalazła inskrypcję na jednej z krokwi[6].

W 2005 roku organizacja Global Heritage Fund (GHF) przy współpracy z pekińskim Uniwersytetem Tsinghua rozpoczęła prace konserwatorskie przy Wielkim Pawilonie Wschodnim, który nie był odnawiany od XVII wieku[7]. 26 czerwca 2009 świątynię wpisano na listę światowego dziedzictwa UNESCO wraz z pobliską górą Wutai Shan[8].