Przed wybuchem wulkanu Thera istniała na wyspie rozwinięta cywilizacja (kultura minojska), której mieszkańcy opuścili w większości wyspę tuż przed wybuchem wulkanu – po wielkim trzęsieniu ziemi, które nawiedziło wyspę. Wybuch wulkanu przyczynił się prawdopodobnie również do znacznego zniszczenia położonej ponad 110 km (60 mil morskich) na południe Krety (pałac w Knossos). Współcześni badacze przypuszczają, że wybuch wulkanu i późniejsze jego zapadnięcie się na ok. 300–400 m pod powierzchnię obecnego poziomu morza spowodował powstanie olbrzymiej fali tsunami o wysokości dochodzącej do 200 metrów[1]. Jedna z hipotez utożsamia zniszczenie wyspy z mityczną Atlantydą.

Zdaniem dr. Stevena Careya z University of Rhode Island z krateru wytrysnęło tak wiele popiołu, że opadając zasłonił on dopływ promieni słonecznych na całym obszarze basenu Morza Śródziemnego – co najmniej 300 tys. kilometrów kwadratowych. Jeszcze dziś pumeks wulkaniczny wokół archipelagu Santoryn tworzy warstwę grubości 80 m i pokrywa dno morskie w promieniu 20–30 km od wysp. Naukowcy oszacowali, że wulkan wyrzucił z krateru 60 km sześciennych magmy[potrzebny przypis].

Po katastrofie przez 300–500 lat wyspa była niezamieszkana. Ponownie zasiedlili ją greccy Dorowie.

Obecnie na Santorynie (a przede wszystkim na głównej wyspie Thira) silnie rozwija się turystyka, która jest jednym z głównych źródeł dochodu. Główne miejscowości: Akrotiri, Emporio, Faros, Fira, Ia, Kamari, Megalochori, Perisa, Pirgos.