Nie wiadomo, jakie były okoliczności i powody założenia osady[1]. Miasto Gedu ludu Suahili istniało od XIII do XVII wieku[2], około XVI wieku miasto pozostawało niezamieszkałe przez około 50 lat[1]. Prawdopodobnie Portugalscy kolonizatorzy ani inni Europejczycy nie znali Gedi[2]; miasto nie pojawia się w zapisach arabskich ani suahilskich[2], ani w żadnych innych źródłach historycznych[1]. Mieszkańcy miasta najpewniej kontaktowali się z kupcami zamorskimi[2]. Ludność miasta jest szacowana na około 2500 osób[3].

Gedi zostało wyludnione w XVII wieku (być może przez powtarzające się napaści ludu Galla, armii z Mombasy lub brak wody[4]) i porosło lasem, w którym rośnie co najmniej 50 gatunków drzew m.in. baobaby[2], Gyrocarpus americanus(inne języki) czy Sterculia appendiculata(inne języki)[4]. W XVIII wieku ruiny okupowało plemię Oromo (Galla)[2].

Europejczycy po raz pierwszy dowiedzieli się o mieście za sprawą archeologa Jamesa Kirkmana[1]. Pod jego nadzorem wykopaliska prowadzili tubylcy, pracami kierowała Karisa Ndyura[5]. W 1927 roku ruiny zostały uznane za zabytek (ang. national monument)[4].

Ruiny są dostępne dla turystów od 1948 roku[2], w tymże roku także rozpoczęto wykopaliska[6] – pierwsze w rejonie Afryki Wschodniej[4]. Przy wejściu do ruin znajduje się nastawiona na gości zagranicznych Kipepeo Butterly Farm – pierwsza w Kenii motylarnia(inne języki)[7].

12 lutego 2010 roku ruiny Gedi zgłoszono na listę informacyjną światowego dziedzictwa UNESCO z kryteriów kulturowych (ii)(iii)(iv)[4].

Stanowiskiem zarządza organizacja National Museums of Kenya(inne języki)[6].