Historia osadnictwa na wyspie sięga co najmniej początków naszej ery. Samo miasto Lamu zostało tu jednak założone dopiero w XIV wieku jako ośrodek handlowy cywilizacji Suahili. W XVI wieku Lamu dostało się pod panowanie Portugalczyków, którzy w XVII wieku zostali stąd jednak wypędzeni przez plemiona arabskie z terenów dzisiejszego Omanu i Jemenu. Nastąpił wtedy największy rozkwit miasta - z tego okresu pochodzi większość zachowanych do dziś starych budynków w charakterystycznym dla Lamu stylu architektonicznym. Rozkwitło wówczas również i tutejsze rzemiosło, a port w Lamu przyjmował statki handlowe z całego basenu Oceanu Indyjskiego. W XVIII wieku Lamu stało się ponadto ważnym islamskim ośrodkiem literackim i naukowym na wschodnim wybrzeżu Afryki.

W 1812 roku - dzięki szczęśliwemu zbiegowi okoliczności – miasto odparło atak Mazruich z Mombasy, których łodzie ugrzęzły na przybrzeżnych mieliznach. Spodziewając się krwawego odwetu mieszkańcy Lamu zwrócili się następnie o pomoc i ochronę do dynastii Busaidich z Omanu, co w konsekwencji doprowadziło jednak do całkowitego uzależnienia się Lamu od omańskiego sułtanatu. Sułtan wykorzystał wyspę jako bazę wypadową do ataków na Mazruich, po czym zajął całe wschodnie wybrzeże Afryki i przeniósł swoją siedzibę na Zanzibar. Mombasa i Zanzibar przejęły wówczas od Lamu rolę głównych ośrodków kultury islamu w tym rejonie i Lamu podupadło. Na przełomie XIX i XX wieku przeszło pod władzę Brytyjczyków, a od 1963 roku znajduje się w granicach niepodległej Kenii.