Przez większą część pierwszego tysiąclecia naszej ery teren obecnego Paganu zamieszkiwała grupa etniczna Pyu posługująca się językiem należącym do grupy języków tybeto-birmańskich. Z okresu tego nie zachowały się żadne budowle, choć cegły, z których je wznoszono, a nawet fundamenty wykorzystywano później do budowy obiektów istniejących współcześnie[1]. Przypuszcza się, że Pyu zostali zastąpieni przez napierających z północy Birmańczyków w IX lub X wieku. Chociaż niektóre kroniki jako daty założenia Paganu podają nawet lata od 444 przed Chr. do 107 po Chr., należy je jednak uznać za daty mityczne, mające podkreślać status i starożytność birmańskiej stolicy[2]. Za moment powstania Paganu przyjmuje się obecnie najczęściej rok 849, kiedy to panujący Pyu król Pyinbya miał zbudować mury (najstarszą istniejącą obecnie w Paganie budowlę[a][2]) i fosę otaczające miasto oraz bramę Tharabha, jednak badania zawartości izotopu węgla 14C w murach podważają tę datę, przesuwając ją nawet między lata 990 a 1230 po Chr.[3] Najwcześniejsza data, jaką odczytano z inskrypcji na kamieniu fundacyjnym umieszczonym w świątyni Kubyaukgyi, to rok 1113[3]. Inskrypcje zawierające wcześniejsze daty są kopiami, więc ich autentyczność może być podważana.

Pierwsze materialne dowody na istnienie niezależnej dynastii birmańskiej w Paganie pochodzą z okresu panowania Anawrahty w XI w. Początkowo, w XI wieku, budynki wznoszono na otoczonym murami terenie nad brzegiem Irawadi (obecnie na terenie wsi Old Bagan), ale już w wieku następnym zaczęto wznosić budowle także na płaskiej, otwartej przestrzeni rozpościerającej się na wschód od rzeki. Wykopaliska przeprowadzone na terenie otoczonym dawnymi murami sugerują, iż istniała tam wcześniej budowla wzniesiona z drewnianych pali. Był to prawdopodobnie pałac wzmiankowany w inskrypcji pochodzącej z okresu panowania Kyanzitthy[b][4]. Począwszy od czasu panowania Anawrahty Pagan stał się ośrodkiem religijnym i naukowym: sprowadzeni z Indii i Cejlonu mnisi poza nauczaniem zajmowali się badaniami lingwistycznymi, filozofią, prawem i medycyną. Było to też miasto wielonarodowe – oprócz Birmańczyków zamieszkiwali je potomkowie Pyu i Monowie. Pamiątką tej wieloetniczności jest inskrypcja Myazedi znajdująca się w Myinkabie, na południe od Paganu.

Nie wyjaśniono dotąd, jaka była przyczyna upadku Paganu w XIV wieku. Często za wydarzenie decydujące przyjmuje się serię najazdów mongolskich wojsk Kubilaj-chana w latach 80. XIII wieku. Na poparcie tego wyjaśnienia brak jednak dowodów historycznych oraz ze sfery historii sztuki[5]. Wszystko wskazuje raczej na to, że nie był to pojedynczy kataklizm w rodzaju najazdu, zarazy czy kryzysu ekonomicznego. Upadek Paganu wynikał raczej z przeniesienia stolicy państwa do Ava i w konsekwencji, utraty względów i opieki panujących[4]. Pagan nigdy nie został porzucony i nie przestał być miejscem uważanym za święte, jednak jego znaczenie zdecydowanie zmalało. Przez wieki region doświadczył też wielu trzęsień ziemi (z których jedno z największych miało miejsce w roku 1975). Zdarzały się też olbrzymie pożary. Budowle popadały stopniowo w całkowitą ruinę, choć wznoszono także nowe (ok. 200) oraz przeprowadzano niewielkie renowacje. Odbudowę na dużą skalę rozpoczęto na początku lat 90. ubiegłego wieku. Niestety, jakość prowadzonych prac jest przedmiotem zdecydowanej krytyki historyków sztuki i konserwatorów[4].