W XIII i XIV wieku Kraków otoczono murem. Źródła pisane wspominają o Bramie Floriańskiej od 1307 roku. Przez bramę biegł trakt do Kleparza koło Kościoła św. Floriana; od niej też zaczynała się Droga Królewska na Wawel.

Obecna budowla w swojej najstarszej części pochodzi z przełomu XIII i XIV wieku. W latach 1565–1566 w pobliżu Bramy Floriańskiej zbudowany został Arsenał Miejski. W XVI w. mieściły się w Bramie stajnie miejskie. W 1694 r. przeprowadzony został jej gruntowny remont.

Na początku XIX wieku planowano zburzyć mury. W ich obronie stanął prof. Feliks Radwański, który pisał: „Chronią one przed wiatrami wiejącymi pod Kościół Mariacki od Kleparza. Niedobre to wiatry, bo smrody i śmieci znosić będą, a także bezbożnie podwiewać spódnice Paniom Matkom i Żonom”[1]. 13 stycznia 1817 r. Radwański wywalczył w senacie Rzeczypospolitej Krakowskiej decyzję o pozostawieniu dla potomnych fragmentów średniowiecznej fortyfikacji. Zachowano więc części murów, w tym Barbakan i Bramę Floriańską.

W roku 1882 ocalono Bramę przed wyburzeniem po raz drugi. Uczynił to książę Władysław Czartoryski. Postanowił utworzyć w baszcie nad bramą, rodową kaplicę Czartoryskich. Rada miasta wyraziła zgodę pod warunkiem, że brama i baszta będą miały wygląd taki jak w połowie XVIII wieku. W 1889 ukończono kaplicę i konsekrował ją kardynał Albin Dunajewski.

Ponownie rozebranie bramy planowano na początku XX wieku, gdy w mieście uruchamiano tramwaj elektryczny. Linia miała biec przez bramę, ale tramwaj nie mieścił się w niej. Ostatecznie postanowiono pogłębić przejazd i bramę ocalono.